Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC43.86■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC43.85■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC43.85■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.84■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.84■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC43.83■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC43.83■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.83■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC43.83■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.82■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC43.82■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC43.81■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC43.81■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.8■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC43.79■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC43.78■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC43.78■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC43.77■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.77■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC43.77■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.76■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC43.76■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC43.76■■■■■ 4.6
CCDC88BA6NC98 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.74■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC43.74■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC43.74■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC43.74■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC43.73■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.71■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.71■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.71■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC43.71■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.71■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.71■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.7■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.7■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.7■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC43.7■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.7■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC43.7■■■■■ 4.59
CCDC88BA6NC98 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC43.69■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.69■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.68■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.68■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC43.68■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC43.67■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC43.67■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC43.67■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC43.67■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC43.67■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.66■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC43.66■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC43.66■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.66■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC43.65■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.64■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.63■■■■■ 4.58
CCDC88BA6NC98 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.62■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.62■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC43.62■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.61■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC43.6■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC43.6■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC43.59■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.59■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC43.59■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC43.59■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC43.59■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.58■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC43.58■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.57■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC43.57■■■■■ 4.57
CCDC88BA6NC98 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.57■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC43.57■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC43.57■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC43.57■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC43.56■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC43.56■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC43.55■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.55■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.55■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC43.55■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC43.55■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC43.55■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC43.54■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.54■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC43.53■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC43.53■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.53■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.52■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.52■■■■■ 4.56
CCDC88BA6NC98 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.5■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.49■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC43.49■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC43.48■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.48■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC43.48■■■■■ 4.55
CCDC88BA6NC98 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.48■■■■■ 4.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms