Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP3Q7Z494 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP3Q7Z494 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms