Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 NME4-208ENST00000454619 719 ntTSL 515.86■□□□□ 0.135e-9■■■■■ 129.7
SF3B1O75533 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.025e-9■■■■■ 129.7
SF3B1O75533 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.532e-6■■■■■ 129.6
SF3B1O75533 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.051e-6■■■■■ 129.6
SF3B1O75533 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 129.6
SF3B1O75533 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.717e-8■■■■■ 129.5
SF3B1O75533 POLR3E-211ENST00000564750 2327 ntTSL 217.88■□□□□ 0.458e-7■■■■■ 129.5
SF3B1O75533 SEC16A-201ENST00000277537 3910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)9.21□□□□□ -0.942e-7■■■■■ 129.4
SF3B1O75533 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.743e-6■■■■■ 129.4
SF3B1O75533 EDC3-208ENST00000565602 1862 ntTSL 519.43■□□□□ 0.73e-6■■■■■ 129.4
SF3B1O75533 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 129.4
SF3B1O75533 EDC3-210ENST00000566219 688 ntTSL 317.49■□□□□ 0.393e-6■■■■■ 129.4
SF3B1O75533 EDC3-201ENST00000315127 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 129.4
SF3B1O75533 DBN1-209ENST00000506117 477 ntTSL 416.96■□□□□ 0.312e-7■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 DBN1-211ENST00000514833 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 414.05□□□□□ -0.162e-7■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 MRPS28-204ENST00000519120 403 ntTSL 217.39■□□□□ 0.371e-6■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 MRPS28-201ENST00000276585 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 MRPS28-202ENST00000518271 487 ntTSL 513.39□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 MRPS28-206ENST00000520946 411 ntTSL 512.78□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 MRPS28-208ENST00000521605 437 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.561e-6■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 MRPS28-207ENST00000521434 585 ntTSL 5 BASIC9.9□□□□□ -0.821e-6■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 MRPS28-205ENST00000519386 555 ntTSL 27.56□□□□□ -1.21e-6■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 AC036214.3-201ENST00000522938 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.89□□□□□ -1.311e-6■■■■■ 129.3
SF3B1O75533 MVK-205ENST00000537237 1296 ntTSL 531.29■■■□□ 2.62e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 QRICH1-205ENST00000430979 583 ntTSL 430.79■■■□□ 2.522e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC30.48■■■□□ 2.472e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 QRICH1-206ENST00000437939 510 ntTSL 529.27■■■□□ 2.282e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 ADD1-215ENST00000510101 704 ntTSL 327.92■■■□□ 2.062e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 CORO7-219ENST00000573165 729 ntTSL 327.48■■□□□ 1.992e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MFSD12-208ENST00000588918 2040 ntTSL 527.01■■□□□ 1.912e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.882e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MVK-203ENST00000447878 1644 ntTSL 226.79■■□□□ 1.882e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.832e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.772e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.552e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.522e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 CORO7-213ENST00000572140 478 ntTSL 324.07■■□□□ 1.442e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 CERS4-210ENST00000559490 420 ntTSL 523.44■■□□□ 1.342e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 GALNT6-207ENST00000603641 1859 ntTSL 1 (best)22.66■■□□□ 1.227e-9■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 METRN-202ENST00000564661 1174 ntTSL 1 (best)22.62■■□□□ 1.212e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MFSD12-214ENST00000615073 986 ntTSL 322.59■■□□□ 1.212e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 DHX38-202ENST00000562774 500 ntTSL 422.31■■□□□ 1.162e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MFSD12-209ENST00000589063 590 ntTSL 322.28■■□□□ 1.162e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 RPS6KA5-203ENST00000554206 1420 ntTSL 1 (best)22.26■■□□□ 1.152e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 SPRY4-205ENST00000511815 553 ntTSL 422.12■■□□□ 1.132e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.125e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.12e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 ADD1-213ENST00000508684 3059 ntTSL 221.51■■□□□ 1.032e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.024e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 PITPNB-206ENST00000460566 592 ntTSL 421.34■■□□□ 1.012e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 RFX2-224ENST00000593241 535 ntTSL 321.25■□□□□ 0.992e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NAGK-207ENST00000455197 763 ntTSL 521.08■□□□□ 0.974e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.962e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.935e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MRPL55-230ENST00000489430 847 ntTSL 520.82■□□□□ 0.922e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.832e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.822e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 GRAMD1A-207ENST00000598118 2277 ntTSL 1 (best)20.13■□□□□ 0.812e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 PHF20-207ENST00000461122 919 ntTSL 320.01■□□□□ 0.792e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.782e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NAGK-228ENST00000533981 776 ntTSL 319.81■□□□□ 0.764e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.742e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 SNX19-212ENST00000533318 1565 ntTSL 219.61■□□□□ 0.732e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 SPRY4-203ENST00000503582 575 ntTSL 419.54■□□□□ 0.722e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 EVL-218ENST00000555999 380 ntTSL 219.53■□□□□ 0.722e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.712e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.672e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MVK-216ENST00000636996 1725 ntTSL 519.12■□□□□ 0.652e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 PAFAH1B1-210ENST00000575477 694 ntTSL 519.1■□□□□ 0.652e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 APBB3-211ENST00000506165 560 ntTSL 219.07■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 POLD1-211ENST00000600746 999 ntTSL 519.03■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 RFX2-207ENST00000587181 534 ntTSL 418.62■□□□□ 0.572e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MRPL55-222ENST00000457264 544 ntTSL 318.52■□□□□ 0.562e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.562e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 RAP2C-204ENST00000490400 215 ntTSL 218.51■□□□□ 0.552e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MFSD12-211ENST00000589995 777 ntTSL 318.47■□□□□ 0.552e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.542e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NAGK-217ENST00000484984 582 ntTSL 318.43■□□□□ 0.544e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NAGK-213ENST00000475709 2986 ntTSL 218.4■□□□□ 0.544e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 POLD1-213ENST00000601098 783 ntTSL 318.25■□□□□ 0.512e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.512e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.52e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 PAFAH1B1-211ENST00000576586 557 ntTSL 418.08■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 EXOSC3-203ENST00000465229 1625 ntTSL 218.05■□□□□ 0.482e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.482e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 DHX38-214ENST00000579387 2258 ntTSL 518.01■□□□□ 0.472e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 EVL-213ENST00000554695 1119 ntTSL 517.8■□□□□ 0.442e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.444e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NAGK-206ENST00000450272 1833 ntTSL 517.74■□□□□ 0.434e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MVK-215ENST00000636529 1509 ntTSL 517.73■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 BRD9-214ENST00000497410 1916 ntTSL 217.53■□□□□ 0.42e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.372e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.342e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 POLD1-203ENST00000593887 695 ntTSL 517.1■□□□□ 0.332e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MRPL55-226ENST00000473066 820 ntTSL 317.1■□□□□ 0.332e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 NEPRO-209ENST00000470663 545 ntTSL 417.06■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 RFX2-223ENST00000592883 589 ntTSL 417.05■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 129.2
SF3B1O75533 EVL-204ENST00000553694 890 ntTSL 217.01■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 129.2
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 889.4 ms