Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
SKA3Q8IX90 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms