Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS4AQ9UN37 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 111 ms