Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SCN1BQ07699 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms