Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
ATG4BQ9Y4P1 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ATG4BQ9Y4P1 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ATG4BQ9Y4P1 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
ATG4BQ9Y4P1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
ATG4BQ9Y4P1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
ATG4BQ9Y4P1 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
ATG4BQ9Y4P1 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
ATG4BQ9Y4P1 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms