Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3B2

EXOSC1, Exosome complex component CSL4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 195 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC1Q9Y3B2 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
EXOSC1Q9Y3B2 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
EXOSC1Q9Y3B2 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
EXOSC1Q9Y3B2 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
EXOSC1Q9Y3B2 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
EXOSC1Q9Y3B2 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
EXOSC1Q9Y3B2 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
EXOSC1Q9Y3B2 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
EXOSC1Q9Y3B2 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
EXOSC1Q9Y3B2 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms