Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY72

SCN3B, Sodium channel subunit beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3BQ9NY72 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SCN3BQ9NY72 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN3BQ9NY72 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3BQ9NY72 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3BQ9NY72 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms