Protein–RNA interactions for Protein: Q8IV63

VRK3, Inactive serine/threonine-protein kinase VRK3, humanhuman

Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VRK3Q8IV63 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VRK3Q8IV63 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VRK3Q8IV63 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VRK3Q8IV63 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VRK3Q8IV63 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms