Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SENP3-EIF4A1-201ENST00000614237 3519 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.181e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 EIF4A1-233ENST00000584784 818 ntTSL 512.81□□□□□ -0.361e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 EIF4A1-209ENST00000578495 916 ntTSL 512.36□□□□□ -0.431e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 EIF4A1-202ENST00000396527 1169 ntTSL 210.1□□□□□ -0.791e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 EIF4A1-211ENST00000578754 547 ntTSL 47.29□□□□□ -1.241e-8■■■■■ 28
U2AF1Q01081 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.071e-7■■■■■ 28
U2AF1Q01081 CPSF6-201ENST00000266679 2229 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.271e-7■■■■■ 28
U2AF1Q01081 CPSF6-207ENST00000551516 234 ntTSL 2 BASIC3.03□□□□□ -1.921e-7■■■■■ 28
U2AF1Q01081 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.727e-8■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.587e-8■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.327e-8■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.067e-8■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.113e-7■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.973e-7■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.953e-7■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.853e-7■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.853e-7■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.73e-7■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 IFT20-213ENST00000583796 1485 nt13.44□□□□□ -0.263e-7■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 IFT20-205ENST00000578009 611 ntTSL 36.26□□□□□ -1.413e-7■■■■■ 27.9
U2AF1Q01081 HMGCR-204ENST00000504466 1107 ntTSL 26.77□□□□□ -1.331e-6■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.068e-9■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.758e-9■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.638e-9■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 TEAD3-203ENST00000433586 657 ntTSL 512.7□□□□□ -0.388e-9■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 PCNT-205ENST00000480896 10485 ntTSL 1 (best)13.2□□□□□ -0.36e-7■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 PCNT-201ENST00000359568 10560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.356e-7■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.633e-13■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.43e-13■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.133e-13■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 HNRNPD-211ENST00000514671 1089 ntTSL 511.19□□□□□ -0.623e-13■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 HNRNPD-210ENST00000514325 4597 ntTSL 1 (best)6.01□□□□□ -1.453e-13■■■■■ 27.8
U2AF1Q01081 TCF25-212ENST00000564652 860 ntTSL 326.56■■□□□ 1.848e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 TCF25-222ENST00000568412 797 ntTSL 322.26■■□□□ 1.158e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 TCF25-204ENST00000561958 763 ntTSL 322.26■■□□□ 1.158e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 TCF25-214ENST00000565196 655 ntTSL 521.34■■□□□ 1.018e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 TCF25-221ENST00000568409 857 ntTSL 318.58■□□□□ 0.568e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 TCF25-219ENST00000566751 383 ntTSL 511.01□□□□□ -0.658e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.041e-7■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.941e-7■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.91e-7■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.861e-7■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 KDM6A-201ENST00000377967 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.11e-7■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 KDM6A-214ENST00000621147 2876 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 PIEZO1-203ENST00000419505 1635 ntTSL 1 (best)26.71■■□□□ 1.873e-6■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.593e-6■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 PIEZO1-208ENST00000484567 2464 ntTSL 223.28■■□□□ 1.323e-6■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 PIEZO1-211ENST00000495568 901 ntTSL 214.45□□□□□ -0.13e-6■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 DQX1-205ENST00000473508 2136 ntTSL 219.51■□□□□ 0.715e-8■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 DQX1-202ENST00000404568 2689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.065e-8■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 DQX1-201ENST00000393951 2540 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.045e-8■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 DQX1-203ENST00000418139 1688 ntTSL 513.89□□□□□ -0.195e-8■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 DQX1-206ENST00000483555 832 ntTSL 313.66□□□□□ -0.225e-8■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-212ENST00000505213 2343 ntTSL 513.16□□□□□ -0.34e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-214ENST00000511143 816 ntTSL 310.55□□□□□ -0.724e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-210ENST00000503814 5317 ntTSL 1 (best)9.61□□□□□ -0.874e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 BIRC6-201ENST00000421745 15703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.43□□□□□ -1.069e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-213ENST00000509076 3060 ntTSL 56.76□□□□□ -1.334e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-207ENST00000475731 444 ntTSL 56.59□□□□□ -1.354e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-204ENST00000399396 2872 ntTSL 5 BASIC6.58□□□□□ -1.364e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-202ENST00000357505 2917 ntTSL 2 BASIC5.55□□□□□ -1.524e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-201ENST00000267068 9427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.654e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-211ENST00000504114 2513 ntTSL 5 BASIC3.65□□□□□ -1.834e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 N4BP2L2-205ENST00000446957 2071 ntTSL 5 BASIC2.92□□□□□ -1.944e-10■■■■■ 27.7
U2AF1Q01081 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.821e-12■■■■■ 27.6
U2AF1Q01081 HP1BP3-212ENST00000487117 1598 ntTSL 27.53□□□□□ -1.21e-12■■■■■ 27.6
U2AF1Q01081 PSMA3-AS1-202ENST00000553657 398 ntTSL 37.08□□□□□ -1.282e-8■■■■■ 27.6
U2AF1Q01081 DDX46-202ENST00000452510 5689 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.284e-7■■■■■ 27.6
U2AF1Q01081 DDX46-207ENST00000507392 3565 ntTSL 211.07□□□□□ -0.644e-7■■■■■ 27.6
U2AF1Q01081 DDX46-201ENST00000354283 3821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10□□□□□ -0.814e-7■■■■■ 27.6
U2AF1Q01081 AL591848.4-201ENST00000567832 3472 ntBASIC8.66□□□□□ -1.026e-9■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 KDM6A-207ENST00000475233 612 ntTSL 524■■□□□ 1.436e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 NCOA1-207ENST00000469850 537 ntTSL 522.2■■□□□ 1.146e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 NCOA1-211ENST00000496333 501 ntTSL 322.02■■□□□ 1.126e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.936e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.886e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.816e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 SHTN1-207ENST00000615301 6730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.426e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 NCOA1-204ENST00000405141 7405 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.04□□□□□ -0.486e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 SHTN1-206ENST00000497044 3647 ntTSL 23.94□□□□□ -1.786e-8■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 SREK1-204ENST00000518110 763 ntTSL 26.06□□□□□ -1.441e-11■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 SREK1-201ENST00000284041 3751 ntTSL 1 (best)4.35□□□□□ -1.711e-11■■■■■ 27.5
U2AF1Q01081 PNISR-202ENST00000438806 3142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.05□□□□□ -1.282e-9■■■■■ 27.4
U2AF1Q01081 PNISR-201ENST00000369239 5112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.61□□□□□ -1.672e-9■■■■■ 27.4
U2AF1Q01081 FNBP4-210ENST00000531394 605 ntTSL 315.23■□□□□ 0.032e-8■■■■■ 27.4
U2AF1Q01081 FNBP4-204ENST00000525792 840 ntTSL 310.56□□□□□ -0.722e-8■■■■■ 27.4
U2AF1Q01081 FNBP4-208ENST00000529156 344 ntTSL 34.76□□□□□ -1.654e-7■■■■■ 27.4
U2AF1Q01081 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.082e-6■■■■■ 27.4
U2AF1Q01081 DYNC1LI1-201ENST00000273130 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 27.4
U2AF1Q01081 DYNC1LI1-208ENST00000481915 4791 ntTSL 25.62□□□□□ -1.512e-6■■■■■ 27.4
U2AF1Q01081 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.222e-14■■■■■ 27.3
U2AF1Q01081 CPOX-202ENST00000510489 526 ntTSL 25.81□□□□□ -1.482e-14■■■■■ 27.3
U2AF1Q01081 TMEM245-201ENST00000374586 7980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.243e-9■■■■■ 27.3
U2AF1Q01081 TMEM245-202ENST00000413712 1973 ntTSL 210.43□□□□□ -0.743e-9■■■■■ 27.3
U2AF1Q01081 TMEM245-205ENST00000491854 2435 ntTSL 29.5□□□□□ -0.893e-9■■■■■ 27.3
U2AF1Q01081 ATIC-211ENST00000467388 714 ntTSL 25.46□□□□□ -1.548e-8■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 GRB10-202ENST00000357271 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 GRB10-210ENST00000407526 2279 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 GRB10-204ENST00000398812 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.11□□□□□ -0.474e-7■■■■■ 27.1
U2AF1Q01081 GRB10-209ENST00000406641 2700 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.574e-7■■■■■ 27.1
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 449.2 ms