Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
MSX2P35548 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSX2P35548 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
MSX2P35548 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
MSX2P35548 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX2P35548 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
MSX2P35548 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX2P35548 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX2P35548 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX2P35548 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX2P35548 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX2P35548 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX2P35548 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
MSX2P35548 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX2P35548 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX2P35548 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX2P35548 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX2P35548 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX2P35548 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX2P35548 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX2P35548 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
MSX2P35548 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX2P35548 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX2P35548 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
MSX2P35548 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSX2P35548 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSX2P35548 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
MSX2P35548 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
MSX2P35548 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
MSX2P35548 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
MSX2P35548 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
MSX2P35548 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
MSX2P35548 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
MSX2P35548 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
MSX2P35548 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
MSX2P35548 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
MSX2P35548 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX2P35548 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX2P35548 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX2P35548 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSX2P35548 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSX2P35548 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSX2P35548 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSX2P35548 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
MSX2P35548 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSX2P35548 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
MSX2P35548 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSX2P35548 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSX2P35548 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSX2P35548 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
MSX2P35548 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSX2P35548 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX2P35548 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX2P35548 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX2P35548 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX2P35548 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX2P35548 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX2P35548 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
MSX2P35548 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSX2P35548 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSX2P35548 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSX2P35548 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSX2P35548 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSX2P35548 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSX2P35548 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSX2P35548 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSX2P35548 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX2P35548 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX2P35548 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX2P35548 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX2P35548 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSX2P35548 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX2P35548 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX2P35548 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX2P35548 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX2P35548 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSX2P35548 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSX2P35548 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSX2P35548 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSX2P35548 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSX2P35548 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSX2P35548 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSX2P35548 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX2P35548 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX2P35548 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX2P35548 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX2P35548 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX2P35548 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX2P35548 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSX2P35548 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSX2P35548 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSX2P35548 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSX2P35548 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSX2P35548 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX2P35548 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX2P35548 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSX2P35548 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX2P35548 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX2P35548 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSX2P35548 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms