Protein–RNA interactions for Protein: O95983

MBD3, Methyl-CpG-binding domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MBD3O95983 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
MBD3O95983 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
MBD3O95983 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
MBD3O95983 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
MBD3O95983 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
MBD3O95983 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
MBD3O95983 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
MBD3O95983 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MBD3O95983 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MBD3O95983 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MBD3O95983 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MBD3O95983 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MBD3O95983 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
MBD3O95983 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MBD3O95983 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MBD3O95983 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MBD3O95983 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MBD3O95983 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MBD3O95983 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
MBD3O95983 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
MBD3O95983 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MBD3O95983 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MBD3O95983 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
MBD3O95983 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MBD3O95983 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MBD3O95983 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MBD3O95983 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MBD3O95983 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MBD3O95983 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MBD3O95983 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MBD3O95983 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MBD3O95983 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MBD3O95983 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
MBD3O95983 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
MBD3O95983 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
MBD3O95983 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
MBD3O95983 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
MBD3O95983 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
MBD3O95983 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
MBD3O95983 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
MBD3O95983 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
MBD3O95983 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
MBD3O95983 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
MBD3O95983 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
MBD3O95983 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
MBD3O95983 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
MBD3O95983 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
MBD3O95983 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
MBD3O95983 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
MBD3O95983 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
MBD3O95983 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
MBD3O95983 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
MBD3O95983 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
MBD3O95983 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
MBD3O95983 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
MBD3O95983 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
MBD3O95983 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
MBD3O95983 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
MBD3O95983 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
MBD3O95983 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
MBD3O95983 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MBD3O95983 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
MBD3O95983 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MBD3O95983 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MBD3O95983 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MBD3O95983 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
MBD3O95983 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MBD3O95983 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
MBD3O95983 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
MBD3O95983 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MBD3O95983 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MBD3O95983 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MBD3O95983 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
MBD3O95983 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
MBD3O95983 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
MBD3O95983 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MBD3O95983 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
MBD3O95983 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
MBD3O95983 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
MBD3O95983 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
MBD3O95983 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
MBD3O95983 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
MBD3O95983 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
MBD3O95983 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
MBD3O95983 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
MBD3O95983 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
MBD3O95983 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
MBD3O95983 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MBD3O95983 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
MBD3O95983 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
MBD3O95983 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MBD3O95983 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MBD3O95983 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
MBD3O95983 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
MBD3O95983 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MBD3O95983 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MBD3O95983 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
MBD3O95983 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MBD3O95983 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MBD3O95983 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.4 ms