Protein–RNA interactions for Protein: O43490

PROM1, Prominin-1, humanhuman

Predictions only

Length 865 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PROM1O43490 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PROM1O43490 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PROM1O43490 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PROM1O43490 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
PROM1O43490 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PROM1O43490 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PROM1O43490 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PROM1O43490 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PROM1O43490 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PROM1O43490 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PROM1O43490 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PROM1O43490 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PROM1O43490 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PROM1O43490 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PROM1O43490 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PROM1O43490 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PROM1O43490 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PROM1O43490 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
PROM1O43490 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PROM1O43490 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PROM1O43490 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PROM1O43490 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PROM1O43490 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PROM1O43490 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PROM1O43490 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PROM1O43490 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PROM1O43490 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PROM1O43490 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PROM1O43490 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PROM1O43490 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
PROM1O43490 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PROM1O43490 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PROM1O43490 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PROM1O43490 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PROM1O43490 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PROM1O43490 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PROM1O43490 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PROM1O43490 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
PROM1O43490 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PROM1O43490 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PROM1O43490 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PROM1O43490 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PROM1O43490 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PROM1O43490 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PROM1O43490 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PROM1O43490 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PROM1O43490 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PROM1O43490 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PROM1O43490 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PROM1O43490 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PROM1O43490 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PROM1O43490 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PROM1O43490 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PROM1O43490 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PROM1O43490 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PROM1O43490 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PROM1O43490 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PROM1O43490 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
PROM1O43490 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PROM1O43490 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PROM1O43490 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PROM1O43490 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PROM1O43490 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PROM1O43490 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PROM1O43490 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PROM1O43490 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PROM1O43490 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PROM1O43490 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PROM1O43490 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PROM1O43490 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PROM1O43490 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PROM1O43490 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PROM1O43490 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PROM1O43490 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PROM1O43490 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PROM1O43490 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PROM1O43490 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PROM1O43490 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PROM1O43490 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PROM1O43490 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PROM1O43490 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
PROM1O43490 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PROM1O43490 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PROM1O43490 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PROM1O43490 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PROM1O43490 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PROM1O43490 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PROM1O43490 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PROM1O43490 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PROM1O43490 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PROM1O43490 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms