Protein–RNA interactions for Protein: A6NCS4

NKX2-6, Homeobox protein Nkx-2.6, humanhuman

Predictions only

Length 301 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-6A6NCS4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NKX2-6A6NCS4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NKX2-6A6NCS4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
NKX2-6A6NCS4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms