Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 PTCH1-217ENST00000548420 553 ntTSL 515.37■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ANXA5-210ENST00000515017 1190 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 C1RL-AS1-203ENST00000535078 325 ntTSL 215.34■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 EBP-202ENST00000414061 609 ntTSL 315.34■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.044e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MTFR1-202ENST00000424808 1386 ntTSL 215.31■□□□□ 0.044e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTCH1-226ENST00000553011 1037 ntTSL 1 (best)15.31■□□□□ 0.044e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PRNP-201ENST00000379440 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.034e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CCDC61-203ENST00000594672 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 315.25■□□□□ 0.032e-13■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DDX41-212ENST00000511040 721 ntTSL 315.22■□□□□ 0.034e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TAGLN2-203ENST00000368097 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.024e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CCM2-217ENST00000492883 1061 ntTSL 215.16■□□□□ 0.024e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 RHOC-213ENST00000473074 943 ntTSL 515.16■□□□□ 0.024e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CNNM3-205ENST00000494595 400 ntTSL 515.16■□□□□ 0.024e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 USP46-209ENST00000514536 1589 ntTSL 215.14■□□□□ 0.014e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 RFNG-212ENST00000584838 721 ntTSL 515.13■□□□□ 0.014e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SAP30BP-211ENST00000579877 561 ntTSL 215.07■□□□□ 04e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ZDHHC7-208ENST00000569488 620 ntTSL 315.06■□□□□ 04e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MPP2-214ENST00000523501 2121 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -04e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ZNF76-204ENST00000460229 697 ntTSL 315.02■□□□□ -04e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 BORCS8-MEF2B-205ENST00000602438 576 ntTSL 414.98□□□□□ -0.014e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ANXA5-202ENST00000501272 1363 ntTSL 5 BASIC14.96□□□□□ -0.014e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.014e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 NIPA1-207ENST00000561183 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.024e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.024e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MYO1F-203ENST00000594977 1693 ntTSL 514.91□□□□□ -0.024e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTCH1-213ENST00000546820 864 ntTSL 1 (best)14.88□□□□□ -0.034e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CAMK2G-210ENST00000472912 2629 ntTSL 214.85□□□□□ -0.034e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AGPAT3-216ENST00000497909 773 ntTSL 314.85□□□□□ -0.034e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AC104836.1-202ENST00000636805 6041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.034e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ARHGEF25-205ENST00000471370 1945 ntTSL 514.82□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 COASY-211ENST00000590958 1976 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DDX41-208ENST00000507955 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CACNB1-206ENST00000539338 5308 ntTSL 1 (best)14.7□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 HELLS-202ENST00000348459 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 C12orf57-204ENST00000540506 551 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ALG1L7P-201ENST00000502317 768 ntBASIC14.66□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TSEN2-206ENST00000446004 1239 ntTSL 514.66□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 NIPA1-203ENST00000557930 582 ntTSL 214.66□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FOXP4-AS1-201ENST00000414386 419 ntTSL 214.64□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FOXP4-AS1-205ENST00000454812 575 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MTCP1-203ENST00000476116 738 ntTSL 414.63□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 INPPL1-213ENST00000541756 4649 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CAMK2G-208ENST00000433289 1618 ntTSL 1 (best)14.61□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TSEN2-202ENST00000402228 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TAGLN-207ENST00000532870 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.084e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FAM9B-201ENST00000327220 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.084e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AP5Z1-201ENST00000348624 2901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.084e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SORCS1-201ENST00000263054 7272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.094e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 COASY-202ENST00000421097 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.094e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 KRI1-212ENST00000544397 514 ntTSL 414.46□□□□□ -0.094e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 ATP11A-203ENST00000415301 550 ntTSL 414.43□□□□□ -0.14e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DDX41-204ENST00000504807 794 ntTSL 214.41□□□□□ -0.14e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 BCCIP-203ENST00000368759 1433 ntTSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.14e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CCDC57-203ENST00000392343 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 L3MBTL1-210ENST00000445228 865 ntTSL 314.39□□□□□ -0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PCYT2-208ENST00000571944 366 ntTSL 314.39□□□□□ -0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MSL2-201ENST00000309993 4692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 NFATC1-205ENST00000427363 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.114e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 APBB2-211ENST00000506352 3316 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.124e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 LMNTD2-202ENST00000441853 1051 ntTSL 314.29□□□□□ -0.124e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 NEK4-207ENST00000535191 2452 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTCH1-218ENST00000548945 243 ntTSL 1 (best)14.24□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTCH1-221ENST00000550914 630 ntTSL 214.24□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TRAPPC2L-210ENST00000565309 699 ntTSL 314.2□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 USP49-203ENST00000394253 9034 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TRAPPC2L-209ENST00000565205 1084 ntTSL 1 (best)14.17□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 GDAP2-201ENST00000369442 2436 ntTSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CREB5-202ENST00000396298 2001 ntTSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MYLK-201ENST00000346322 5892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SAP30BP-223ENST00000584240 834 ntTSL 514.14□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MYLK-203ENST00000359169 7585 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TMEM2-202ENST00000377044 6523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MMAB-210ENST00000545712 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 LINC00094-206ENST00000605164 232 ntTSL 314.11□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 WAPL-201ENST00000263070 5987 ntTSL 5 BASIC14.1□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 USP49-201ENST00000373006 3177 ntTSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 AP5Z1-204ENST00000477680 3081 ntTSL 214.08□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SUMO3-206ENST00000479153 1736 ntTSL 214.08□□□□□ -0.164e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 RFNG-202ENST00000429557 994 ntTSL 5 BASIC14.08□□□□□ -0.164e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 PTCH1-215ENST00000547672 881 ntTSL 1 (best)14.04□□□□□ -0.164e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FYN-209ENST00000467921 799 ntTSL 214.02□□□□□ -0.174e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 INHBC-201ENST00000309668 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.174e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 FAM83G-203ENST00000399096 4393 ntTSL 414□□□□□ -0.174e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 WASHC5-202ENST00000517845 3667 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TRAPPC2L-212ENST00000567312 499 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MCM2-209ENST00000491422 2844 ntTSL 513.94□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 BEST1-208ENST00000534553 1829 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 BCCIP-202ENST00000299130 2337 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DNPEP-212ENST00000488051 480 ntTSL 313.9□□□□□ -0.194e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 SNX29-207ENST00000568949 636 ntTSL 313.89□□□□□ -0.194e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TRAPPC2L-203ENST00000562125 722 ntTSL 213.87□□□□□ -0.194e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DNPEP-220ENST00000523282 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.194e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 CREB5-203ENST00000396299 2294 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.24e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TAF11-202ENST00000420584 1465 ntTSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.24e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 MON1B-201ENST00000248248 6091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.24e-6■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 DNPEP-205ENST00000373972 1578 ntTSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.24e-7■■■■■ 133.7
SF3B1O75533 TAGLN-203ENST00000525531 1048 ntAPPRIS P1 TSL 513.81□□□□□ -0.24e-7■■■■■ 133.7
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1280.6 ms