Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LMX1BO60663 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms