Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.1 ms