RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637050.1

CLN3-254, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,684 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-254ENST00000637050 NISCHQ9Y2I1 1504 aa42.43■■■■■ 4.38
CLN3-254ENST00000637050 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa37.15■■■■□ 3.54
CLN3-254ENST00000637050 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP35.6■■■■□ 3.29
CLN3-254ENST00000637050 ABCC9O60706 1549 aa35.27■■■■□ 3.24
CLN3-254ENST00000637050 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa35.14■■■■□ 3.22
CLN3-254ENST00000637050 DCAF8L2P0C7V8 631 aa34.99■■■■□ 3.19
CLN3-254ENST00000637050 MYO15BQ96JP2 1530 aa34.83■■■■□ 3.17
CLN3-254ENST00000637050 NACADO15069 1562 aa34.65■■■■□ 3.14
CLN3-254ENST00000637050 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa34.4■■■■□ 3.1
CLN3-254ENST00000637050 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa34.32■■■■□ 3.08
CLN3-254ENST00000637050 SCRIBQ14160 1630 aa34.05■■■■□ 3.04
CLN3-254ENST00000637050 UNC13AQ9UPW8 1703 aa33.67■■■□□ 2.98
CLN3-254ENST00000637050 BICRAQ9NZM4 1560 aa33.37■■■□□ 2.93
CLN3-254ENST00000637050 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP33.18■■■□□ 2.9
CLN3-254ENST00000637050 CECR2Q9BXF3 1484 aa32.96■■■□□ 2.87
CLN3-254ENST00000637050 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP32.9■■■□□ 2.86
CLN3-254ENST00000637050 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP32.81■■■□□ 2.84
CLN3-254ENST00000637050 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP32.79■■■□□ 2.84
CLN3-254ENST00000637050 MROH2BQ7Z745 1585 aa32.75■■■□□ 2.83
CLN3-254ENST00000637050 SMARCA4P51532 1647 aa32.66■■■□□ 2.82
CLN3-254ENST00000637050 WIZO95785 1651 aa32.45■■■□□ 2.79
CLN3-254ENST00000637050 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP32.37■■■□□ 2.77
CLN3-254ENST00000637050 PEG3Q9GZU2 1588 aa32.32■■■□□ 2.76
CLN3-254ENST00000637050 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa32.2■■■□□ 2.74
CLN3-254ENST00000637050 SMARCA2P51531 1590 aa32.18■■■□□ 2.74
CLN3-254ENST00000637050 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP32.15■■■□□ 2.74
CLN3-254ENST00000637050 NCAPD3P42695 1498 aa31.98■■■□□ 2.71
CLN3-254ENST00000637050 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP31.98■■■□□ 2.71
CLN3-254ENST00000637050 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa31.95■■■□□ 2.7
CLN3-254ENST00000637050 HMGXB3Q12766 1538 aa31.92■■■□□ 2.7
CLN3-254ENST00000637050 CCDC88BA6NC98 1476 aa31.79■■■□□ 2.68
CLN3-254ENST00000637050 CHIC1Q5VXU3 224 aa31.41■■■□□ 2.62
CLN3-254ENST00000637050 DNAJC5BQ9UF47 199 aa31.33■■■□□ 2.61
CLN3-254ENST00000637050 CFTRP13569 1480 aa31.19■■■□□ 2.58
CLN3-254ENST00000637050 CADPSQ9ULU8 1353 aa31.12■■■□□ 2.57
CLN3-254ENST00000637050 PRDM2Q13029 1718 aa31.02■■■□□ 2.56
CLN3-254ENST00000637050 ABCC8Q09428 1581 aa31.01■■■□□ 2.56
CLN3-254ENST00000637050 TRIM41Q8WV44 630 aa30.98■■■□□ 2.55
CLN3-254ENST00000637050 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa30.93■■■□□ 2.54
CLN3-254ENST00000637050 NESP48681 1621 aa30.9■■■□□ 2.54
CLN3-254ENST00000637050 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP30.88■■■□□ 2.53
CLN3-254ENST00000637050 FANCD2Q9BXW9 1451 aa30.76■■■□□ 2.51
CLN3-254ENST00000637050 SYNJ1O43426 1573 aa30.75■■■□□ 2.51
CLN3-254ENST00000637050 PDS5BQ9NTI5 1447 aa30.68■■■□□ 2.5
CLN3-254ENST00000637050 TOP2BQ02880 1626 aa30.67■■■□□ 2.5
CLN3-254ENST00000637050 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa30.66■■■□□ 2.5
CLN3-254ENST00000637050 CUX1P39880 1505 aa30.65■■■□□ 2.5
CLN3-254ENST00000637050 CEP164Q9UPV0 1460 aa30.6■■■□□ 2.49
CLN3-254ENST00000637050 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa30.53■■■□□ 2.48
CLN3-254ENST00000637050 DNMBPQ6XZF7 1577 aa30.46■■■□□ 2.47
CLN3-254ENST00000637050 TOPBP1Q92547 1522 aa30.41■■■□□ 2.46
CLN3-254ENST00000637050 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP30.4■■■□□ 2.46
CLN3-254ENST00000637050 SOGA1O94964 1423 aa30.39■■■□□ 2.46
CLN3-254ENST00000637050 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP30.36■■■□□ 2.45
CLN3-254ENST00000637050 FGD5Q6ZNL6 1462 aa30.34■■■□□ 2.45
CLN3-254ENST00000637050 EEA1Q15075 1411 aa30.33■■■□□ 2.45
CLN3-254ENST00000637050 MRC2Q9UBG0 1479 aa30.3■■■□□ 2.44
CLN3-254ENST00000637050 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa30.29■■■□□ 2.44
CLN3-254ENST00000637050 ERCC6Q03468 1493 aa30.26■■■□□ 2.43
CLN3-254ENST00000637050 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP30.24■■■□□ 2.43
CLN3-254ENST00000637050 WDR62O43379 1518 aa30.17■■■□□ 2.42
CLN3-254ENST00000637050 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa30.16■■■□□ 2.42
CLN3-254ENST00000637050 CSRNP3Q8WYN3 585 aa30.14■■■□□ 2.42
CLN3-254ENST00000637050 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP30.13■■■□□ 2.41
CLN3-254ENST00000637050 KIF27Q86VH2 1401 aa30.12■■■□□ 2.41
CLN3-254ENST00000637050 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa30.12■■■□□ 2.41
CLN3-254ENST00000637050 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa30.1■■■□□ 2.41
CLN3-254ENST00000637050 CUX2O14529 1486 aa30.09■■■□□ 2.41
CLN3-254ENST00000637050 WDR97A6NE52 1622 aa30.02■■■□□ 2.4
CLN3-254ENST00000637050 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP29.99■■■□□ 2.39
CLN3-254ENST00000637050 KIF21BO75037 1637 aa29.95■■■□□ 2.38
CLN3-254ENST00000637050 IFT140Q96RY7 1462 aa29.9■■■□□ 2.38
CLN3-254ENST00000637050 IGF1RP08069 1367 aa29.89■■■□□ 2.37
CLN3-254ENST00000637050 EHMT2Q96KQ7 1210 aa29.88■■■□□ 2.37
CLN3-254ENST00000637050 PRXQ9BXM0 1461 aa29.88■■■□□ 2.37
CLN3-254ENST00000637050 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa29.87■■■□□ 2.37
CLN3-254ENST00000637050 GOLGA3Q08378 1498 aa29.87■■■□□ 2.37
CLN3-254ENST00000637050 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP29.84■■■□□ 2.37
CLN3-254ENST00000637050 ERICH3Q5RHP9 1530 aa29.8■■■□□ 2.36
CLN3-254ENST00000637050 GAPVD1Q14C86 1478 aa29.8■■■□□ 2.36
CLN3-254ENST00000637050 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa29.79■■■□□ 2.36
CLN3-254ENST00000637050 TNIKQ9UKE5 1360 aa29.74■■■□□ 2.35
CLN3-254ENST00000637050 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa29.72■■■□□ 2.35
CLN3-254ENST00000637050 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP29.71■■■□□ 2.35
CLN3-254ENST00000637050 CUL7Q14999 1698 aa29.7■■■□□ 2.34
CLN3-254ENST00000637050 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP29.69■■■□□ 2.34
CLN3-254ENST00000637050 UBTFP17480 764 aaKnown RBP29.69■■■□□ 2.34
CLN3-254ENST00000637050 PBRM1Q86U86 1689 aa29.65■■■□□ 2.34
CLN3-254ENST00000637050 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP29.62■■■□□ 2.33
CLN3-254ENST00000637050 GRIN2BQ13224 1484 aa29.62■■■□□ 2.33
CLN3-254ENST00000637050 CEP162Q5TB80 1403 aa29.54■■■□□ 2.32
CLN3-254ENST00000637050 ADAMTS12P58397 1594 aa29.49■■■□□ 2.31
CLN3-254ENST00000637050 FHAD1B1AJZ9 1412 aa29.49■■■□□ 2.31
CLN3-254ENST00000637050 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa29.43■■■□□ 2.3
CLN3-254ENST00000637050 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP29.41■■■□□ 2.3
CLN3-254ENST00000637050 CLIP1P30622 1438 aa29.37■■■□□ 2.29
CLN3-254ENST00000637050 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa29.31■■■□□ 2.28
CLN3-254ENST00000637050 SYNJ2O15056 1496 aa29.29■■■□□ 2.28
CLN3-254ENST00000637050 GRIN2AQ12879 1464 aa29.25■■■□□ 2.27
CLN3-254ENST00000637050 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP29.22■■■□□ 2.27
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