RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000590096.1

ATG4D-212, Transcript of autophagy related 4D cysteine peptidase, humanhuman

TSL 5

Gene ATG4D, Length 1,282 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4D-212ENST00000590096 NISCHQ9Y2I1 1504 aa51.26■■■■■ 5.8
ATG4D-212ENST00000590096 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa45.51■■■■■ 4.88
ATG4D-212ENST00000590096 ABCC9O60706 1549 aa44.3■■■■■ 4.68
ATG4D-212ENST00000590096 DCAF8L2P0C7V8 631 aa42.79■■■■■ 4.44
ATG4D-212ENST00000590096 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP42.74■■■■■ 4.43
ATG4D-212ENST00000590096 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa42.73■■■■■ 4.43
ATG4D-212ENST00000590096 NACADO15069 1562 aa42.73■■■■■ 4.43
ATG4D-212ENST00000590096 MYO15BQ96JP2 1530 aa42.51■■■■■ 4.4
ATG4D-212ENST00000590096 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa42.41■■■■■ 4.38
ATG4D-212ENST00000590096 UNC13AQ9UPW8 1703 aa41.75■■■■■ 4.27
ATG4D-212ENST00000590096 SCRIBQ14160 1630 aa41.55■■■■■ 4.24
ATG4D-212ENST00000590096 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP41.42■■■■■ 4.22
ATG4D-212ENST00000590096 BICRAQ9NZM4 1560 aa41.37■■■■■ 4.21
ATG4D-212ENST00000590096 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.26■■■■■ 4.2
ATG4D-212ENST00000590096 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa41.01■■■■■ 4.16
ATG4D-212ENST00000590096 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP40.3■■■■■ 4.04
ATG4D-212ENST00000590096 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa40.09■■■■■ 4.01
ATG4D-212ENST00000590096 CECR2Q9BXF3 1484 aa39.88■■■■□ 3.98
ATG4D-212ENST00000590096 SMARCA4P51532 1647 aa39.75■■■■□ 3.95
ATG4D-212ENST00000590096 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39.74■■■■□ 3.95
ATG4D-212ENST00000590096 MROH2BQ7Z745 1585 aa39.5■■■■□ 3.91
ATG4D-212ENST00000590096 SMARCA2P51531 1590 aa39.46■■■■□ 3.91
ATG4D-212ENST00000590096 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa39.45■■■■□ 3.91
ATG4D-212ENST00000590096 NCAPD3P42695 1498 aa39.39■■■■□ 3.9
ATG4D-212ENST00000590096 PEG3Q9GZU2 1588 aa39.33■■■■□ 3.89
ATG4D-212ENST00000590096 HMGXB3Q12766 1538 aa39.24■■■■□ 3.87
ATG4D-212ENST00000590096 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP39.18■■■■□ 3.86
ATG4D-212ENST00000590096 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP39.12■■■■□ 3.85
ATG4D-212ENST00000590096 WIZO95785 1651 aa39.1■■■■□ 3.85
ATG4D-212ENST00000590096 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP38.72■■■■□ 3.79
ATG4D-212ENST00000590096 NESP48681 1621 aa38.38■■■■□ 3.74
ATG4D-212ENST00000590096 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa38.36■■■■□ 3.73
ATG4D-212ENST00000590096 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP38.35■■■■□ 3.73
ATG4D-212ENST00000590096 CADPSQ9ULU8 1353 aa38.27■■■■□ 3.72
ATG4D-212ENST00000590096 CCDC88BA6NC98 1476 aa38.23■■■■□ 3.71
ATG4D-212ENST00000590096 ERCC6Q03468 1493 aa38.22■■■■□ 3.71
ATG4D-212ENST00000590096 PDS5BQ9NTI5 1447 aa38.1■■■■□ 3.69
ATG4D-212ENST00000590096 CFTRP13569 1480 aa38.09■■■■□ 3.69
ATG4D-212ENST00000590096 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa37.97■■■■□ 3.67
ATG4D-212ENST00000590096 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa37.92■■■■□ 3.66
ATG4D-212ENST00000590096 PRDM2Q13029 1718 aa37.87■■■■□ 3.65
ATG4D-212ENST00000590096 FANCD2Q9BXW9 1451 aa37.84■■■■□ 3.65
ATG4D-212ENST00000590096 CEP164Q9UPV0 1460 aa37.8■■■■□ 3.64
ATG4D-212ENST00000590096 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP37.77■■■■□ 3.64
ATG4D-212ENST00000590096 CUX2O14529 1486 aa37.76■■■■□ 3.63
ATG4D-212ENST00000590096 MRC2Q9UBG0 1479 aa37.69■■■■□ 3.62
ATG4D-212ENST00000590096 WDR62O43379 1518 aa37.54■■■■□ 3.6
ATG4D-212ENST00000590096 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP37.43■■■■□ 3.58
ATG4D-212ENST00000590096 ABCC8Q09428 1581 aa37.29■■■■□ 3.56
ATG4D-212ENST00000590096 TOPBP1Q92547 1522 aa37.26■■■■□ 3.56
ATG4D-212ENST00000590096 DNMBPQ6XZF7 1577 aa37.25■■■■□ 3.55
ATG4D-212ENST00000590096 CUX1P39880 1505 aa37.05■■■■□ 3.52
ATG4D-212ENST00000590096 IFT140Q96RY7 1462 aa36.99■■■■□ 3.51
ATG4D-212ENST00000590096 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP36.95■■■■□ 3.51
ATG4D-212ENST00000590096 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP36.92■■■■□ 3.5
ATG4D-212ENST00000590096 FGD5Q6ZNL6 1462 aa36.91■■■■□ 3.5
ATG4D-212ENST00000590096 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP36.82■■■■□ 3.49
ATG4D-212ENST00000590096 SOGA1O94964 1423 aa36.82■■■■□ 3.48
ATG4D-212ENST00000590096 TOP2BQ02880 1626 aa36.81■■■■□ 3.48
ATG4D-212ENST00000590096 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa36.81■■■■□ 3.48
ATG4D-212ENST00000590096 SYNJ1O43426 1573 aa36.79■■■■□ 3.48
ATG4D-212ENST00000590096 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa36.79■■■■□ 3.48
ATG4D-212ENST00000590096 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP36.76■■■■□ 3.48
ATG4D-212ENST00000590096 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP36.67■■■■□ 3.46
ATG4D-212ENST00000590096 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP36.6■■■■□ 3.453e-6■■■■□ 19.5
ATG4D-212ENST00000590096 WDR97A6NE52 1622 aa36.59■■■■□ 3.45
ATG4D-212ENST00000590096 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP36.57■■■■□ 3.45
ATG4D-212ENST00000590096 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa36.55■■■■□ 3.44
ATG4D-212ENST00000590096 GAPVD1Q14C86 1478 aa36.4■■■■□ 3.42
ATG4D-212ENST00000590096 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa36.39■■■■□ 3.42
ATG4D-212ENST00000590096 GRIN2BQ13224 1484 aa36.37■■■■□ 3.41
ATG4D-212ENST00000590096 PBRM1Q86U86 1689 aa36.34■■■■□ 3.41
ATG4D-212ENST00000590096 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa36.29■■■■□ 3.4
ATG4D-212ENST00000590096 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP36.25■■■■□ 3.39
ATG4D-212ENST00000590096 TRIM41Q8WV44 630 aa36.22■■■■□ 3.39
ATG4D-212ENST00000590096 OSCARQ8IYS5 282 aa36.18■■■■□ 3.38
ATG4D-212ENST00000590096 CHD1O14646 1710 aa36.17■■■■□ 3.38
ATG4D-212ENST00000590096 FBLN2P98095 1184 aa36.17■■■■□ 3.38
ATG4D-212ENST00000590096 KIF27Q86VH2 1401 aa36.14■■■■□ 3.38
ATG4D-212ENST00000590096 ERICH3Q5RHP9 1530 aa36.13■■■■□ 3.38
ATG4D-212ENST00000590096 SYNJ2O15056 1496 aa36.11■■■■□ 3.37
ATG4D-212ENST00000590096 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP36.1■■■■□ 3.37
ATG4D-212ENST00000590096 ADAMTS12P58397 1594 aa36.05■■■■□ 3.36
ATG4D-212ENST00000590096 FHAD1B1AJZ9 1412 aa35.99■■■■□ 3.35
ATG4D-212ENST00000590096 IGF1RP08069 1367 aa35.92■■■■□ 3.34
ATG4D-212ENST00000590096 GRIN2AQ12879 1464 aa35.9■■■■□ 3.34
ATG4D-212ENST00000590096 CUL7Q14999 1698 aa35.88■■■■□ 3.33
ATG4D-212ENST00000590096 CHIC1Q5VXU3 224 aa35.87■■■■□ 3.33
ATG4D-212ENST00000590096 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa35.83■■■■□ 3.33
ATG4D-212ENST00000590096 CLASP1Q7Z460 1538 aa35.75■■■■□ 3.31
ATG4D-212ENST00000590096 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa35.75■■■■□ 3.31
ATG4D-212ENST00000590096 NUP160Q12769 1436 aa35.71■■■■□ 3.31
ATG4D-212ENST00000590096 CEP170Q5SW79 1584 aa35.7■■■■□ 3.31
ATG4D-212ENST00000590096 EEA1Q15075 1411 aa35.6■■■■□ 3.29
ATG4D-212ENST00000590096 ARHGEF11O15085 1522 aa35.58■■■■□ 3.29
ATG4D-212ENST00000590096 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa35.57■■■■□ 3.28
ATG4D-212ENST00000590096 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa35.57■■■■□ 3.28
ATG4D-212ENST00000590096 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa35.57■■■■□ 3.28
ATG4D-212ENST00000590096 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa35.57■■■■□ 3.28
ATG4D-212ENST00000590096 CSRNP3Q8WYN3 585 aa35.5■■■■□ 3.27
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 93.9 ms