RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000590011.1

CELF4-215, Transcript of CUGBP Elav-like family member 4, human

TSL 2

Gene CELF4, Length 579 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CELF4-215	ENST00000590011	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		45.11	■■■■■ 4.81
CELF4-215	ENST00000590011	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.98	■■■■□ 3.99
CELF4-215	ENST00000590011	ABCC9	O60706	1549 aa		38.91	■■■■□ 3.82
CELF4-215	ENST00000590011	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	37.65	■■■■□ 3.62
CELF4-215	ENST00000590011	NACAD	O15069	1562 aa		37.52	■■■■□ 3.6
CELF4-215	ENST00000590011	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.52	■■■■□ 3.6
CELF4-215	ENST00000590011	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.5	■■■■□ 3.59
CELF4-215	ENST00000590011	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.37	■■■■□ 3.57
CELF4-215	ENST00000590011	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		37.32	■■■■□ 3.57
CELF4-215	ENST00000590011	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.71	■■■■□ 3.47
CELF4-215	ENST00000590011	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.55	■■■■□ 3.44
CELF4-215	ENST00000590011	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.43	■■■■□ 3.42
CELF4-215	ENST00000590011	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	36.39	■■■■□ 3.42
CELF4-215	ENST00000590011	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		35.99	■■■■□ 3.35
CELF4-215	ENST00000590011	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		35.52	■■■■□ 3.28
CELF4-215	ENST00000590011	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.42	■■■■□ 3.26
CELF4-215	ENST00000590011	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		35.21	■■■■□ 3.23
CELF4-215	ENST00000590011	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		35.16	■■■■□ 3.22
CELF4-215	ENST00000590011	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.96	■■■■□ 3.19
CELF4-215	ENST00000590011	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.93	■■■■□ 3.18
CELF4-215	ENST00000590011	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.8	■■■■□ 3.16
CELF4-215	ENST00000590011	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.71	■■■■□ 3.15
CELF4-215	ENST00000590011	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.64	■■■■□ 3.14
CELF4-215	ENST00000590011	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.63	■■■■□ 3.13
CELF4-215	ENST00000590011	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.61	■■■■□ 3.13
CELF4-215	ENST00000590011	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.49	■■■■□ 3.11
CELF4-215	ENST00000590011	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	34.47	■■■■□ 3.11
CELF4-215	ENST00000590011	WIZ	O95785	1651 aa		34.44	■■■■□ 3.1
CELF4-215	ENST00000590011	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.41	■■■■□ 3.1
CELF4-215	ENST00000590011	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	34.07	■■■■□ 3.04
CELF4-215	ENST00000590011	NES	P48681	1621 aa		33.77	■■■■□ 3
CELF4-215	ENST00000590011	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	33.74	■■■□□ 2.99
CELF4-215	ENST00000590011	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33.67	■■■□□ 2.98
CELF4-215	ENST00000590011	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.67	■■■□□ 2.98
CELF4-215	ENST00000590011	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.62	■■■□□ 2.97
CELF4-215	ENST00000590011	CFTR	P13569	1480 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CELF4-215	ENST00000590011	ERCC6	Q03468	1493 aa		33.47	■■■□□ 2.95
CELF4-215	ENST00000590011	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.4	■■■□□ 2.94
CELF4-215	ENST00000590011	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.36	■■■□□ 2.93
CELF4-215	ENST00000590011	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.25	■■■□□ 2.91
CELF4-215	ENST00000590011	PRDM2	Q13029	1718 aa		33.25	■■■□□ 2.91
CELF4-215	ENST00000590011	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.21	■■■□□ 2.91
CELF4-215	ENST00000590011	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.18	■■■□□ 2.9
CELF4-215	ENST00000590011	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		33.09	■■■□□ 2.89
CELF4-215	ENST00000590011	CUX2	O14529	1486 aa		33.04	■■■□□ 2.88
CELF4-215	ENST00000590011	WDR62	O43379	1518 aa		33	■■■□□ 2.87
CELF4-215	ENST00000590011	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	32.94	■■■□□ 2.86
CELF4-215	ENST00000590011	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.77	■■■□□ 2.84
CELF4-215	ENST00000590011	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.75	■■■□□ 2.83
CELF4-215	ENST00000590011	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.7	■■■□□ 2.83
CELF4-215	ENST00000590011	CUX1	P39880	1505 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CELF4-215	ENST00000590011	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.51	■■■□□ 2.79
CELF4-215	ENST00000590011	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	32.47	■■■□□ 2.79
CELF4-215	ENST00000590011	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.47	■■■□□ 2.79
CELF4-215	ENST00000590011	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.47	■■■□□ 2.79
CELF4-215	ENST00000590011	SYNJ1	O43426	1573 aa		32.43	■■■□□ 2.78
CELF4-215	ENST00000590011	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
CELF4-215	ENST00000590011	TOP2B	Q02880	1626 aa		32.39	■■■□□ 2.78
CELF4-215	ENST00000590011	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		32.39	■■■□□ 2.78
CELF4-215	ENST00000590011	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.38	■■■□□ 2.77
CELF4-215	ENST00000590011	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.36	■■■□□ 2.77
CELF4-215	ENST00000590011	SOGA1	O94964	1423 aa		32.34	■■■□□ 2.77
CELF4-215	ENST00000590011	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.23	■■■□□ 2.75
CELF4-215	ENST00000590011	WDR97	A6NE52	1622 aa		32.21	■■■□□ 2.75
CELF4-215	ENST00000590011	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.18	■■■□□ 2.74
CELF4-215	ENST00000590011	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		32.16	■■■□□ 2.74
CELF4-215	ENST00000590011	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	32.15	■■■□□ 2.74
CELF4-215	ENST00000590011	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		32.03	■■■□□ 2.72
CELF4-215	ENST00000590011	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.98	■■■□□ 2.71
CELF4-215	ENST00000590011	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.94	■■■□□ 2.7
CELF4-215	ENST00000590011	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.92	■■■□□ 2.7
CELF4-215	ENST00000590011	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.9	■■■□□ 2.7
CELF4-215	ENST00000590011	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.83	■■■□□ 2.69
CELF4-215	ENST00000590011	TRIM41	Q8WV44	630 aa		31.82	■■■□□ 2.68
CELF4-215	ENST00000590011	CHD1	O14646	1710 aa		31.77	■■■□□ 2.68
CELF4-215	ENST00000590011	KIF27	Q86VH2	1401 aa		31.75	■■■□□ 2.67
CELF4-215	ENST00000590011	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.75	■■■□□ 2.67
CELF4-215	ENST00000590011	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		31.72	■■■□□ 2.67
CELF4-215	ENST00000590011	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.71	■■■□□ 2.67
CELF4-215	ENST00000590011	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.71	■■■□□ 2.67
CELF4-215	ENST00000590011	FBLN2	P98095	1184 aa		31.68	■■■□□ 2.66
CELF4-215	ENST00000590011	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		31.67	■■■□□ 2.66
CELF4-215	ENST00000590011	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		31.65	■■■□□ 2.66
CELF4-215	ENST00000590011	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.63	■■■□□ 2.65
CELF4-215	ENST00000590011	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.62	■■■□□ 2.65
CELF4-215	ENST00000590011	IGF1R	P08069	1367 aa		31.62	■■■□□ 2.65
CELF4-215	ENST00000590011	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.62	■■■□□ 2.65
CELF4-215	ENST00000590011	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.55	■■■□□ 2.64
CELF4-215	ENST00000590011	CUL7	Q14999	1698 aa		31.51	■■■□□ 2.64
CELF4-215	ENST00000590011	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.44	■■■□□ 2.62
CELF4-215	ENST00000590011	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		31.42	■■■□□ 2.62
CELF4-215	ENST00000590011	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.41	■■■□□ 2.62
CELF4-215	ENST00000590011	NUP160	Q12769	1436 aa		31.41	■■■□□ 2.62
CELF4-215	ENST00000590011	EEA1	Q15075	1411 aa		31.29	■■■□□ 2.6
CELF4-215	ENST00000590011	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		31.27	■■■□□ 2.6
CELF4-215	ENST00000590011	PRX	Q9BXM0	1461 aa		31.25	■■■□□ 2.59
CELF4-215	ENST00000590011	ARHGEF11	O15085	1522 aa		31.24	■■■□□ 2.59
CELF4-215	ENST00000590011	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		31.22	■■■□□ 2.59
CELF4-215	ENST00000590011	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		31.22	■■■□□ 2.59
CELF4-215	ENST00000590011	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		31.22	■■■□□ 2.59

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