RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000588555.1

SCAMP4-210, Transcript of secretory carrier membrane protein 4, humanhuman

Gene SCAMP4, Length 1,785 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAMP4-210ENST00000588555 NISCHQ9Y2I1 1504 aa60.04■■■■■ 7.2
SCAMP4-210ENST00000588555 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa52.56■■■■■ 6
SCAMP4-210ENST00000588555 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP50.39■■■■■ 5.66
SCAMP4-210ENST00000588555 ABCC9O60706 1549 aa49.92■■■■■ 5.58
SCAMP4-210ENST00000588555 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa49.7■■■■■ 5.55
SCAMP4-210ENST00000588555 DCAF8L2P0C7V8 631 aa49.49■■■■■ 5.51
SCAMP4-210ENST00000588555 MYO15BQ96JP2 1530 aa49.25■■■■■ 5.47
SCAMP4-210ENST00000588555 NACADO15069 1562 aa49.01■■■■■ 5.44
SCAMP4-210ENST00000588555 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa48.65■■■■■ 5.38
SCAMP4-210ENST00000588555 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa48.59■■■■■ 5.37
SCAMP4-210ENST00000588555 SCRIBQ14160 1630 aa48.21■■■■■ 5.31
SCAMP4-210ENST00000588555 UNC13AQ9UPW8 1703 aa47.71■■■■■ 5.23
SCAMP4-210ENST00000588555 BICRAQ9NZM4 1560 aa47.25■■■■■ 5.15
SCAMP4-210ENST00000588555 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP46.96■■■■■ 5.11
SCAMP4-210ENST00000588555 CECR2Q9BXF3 1484 aa46.66■■■■■ 5.06
SCAMP4-210ENST00000588555 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP46.54■■■■■ 5.04
SCAMP4-210ENST00000588555 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP46.42■■■■■ 5.02
SCAMP4-210ENST00000588555 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP46.38■■■■■ 5.02
SCAMP4-210ENST00000588555 MROH2BQ7Z745 1585 aa46.36■■■■■ 5.01
SCAMP4-210ENST00000588555 SMARCA4P51532 1647 aa46.24■■■■■ 4.99
SCAMP4-210ENST00000588555 WIZO95785 1651 aa45.96■■■■■ 4.95
SCAMP4-210ENST00000588555 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.82■■■■■ 4.93
SCAMP4-210ENST00000588555 PEG3Q9GZU2 1588 aa45.74■■■■■ 4.91
SCAMP4-210ENST00000588555 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa45.56■■■■■ 4.88
SCAMP4-210ENST00000588555 SMARCA2P51531 1590 aa45.52■■■■■ 4.88
SCAMP4-210ENST00000588555 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP45.49■■■■■ 4.87
SCAMP4-210ENST00000588555 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP45.25■■■■■ 4.83
SCAMP4-210ENST00000588555 NCAPD3P42695 1498 aa45.24■■■■■ 4.83
SCAMP4-210ENST00000588555 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.22■■■■■ 4.83
SCAMP4-210ENST00000588555 HMGXB3Q12766 1538 aa45.17■■■■■ 4.82
SCAMP4-210ENST00000588555 CCDC88BA6NC98 1476 aa44.99■■■■■ 4.79
SCAMP4-210ENST00000588555 CHIC1Q5VXU3 224 aa44.44■■■■■ 4.7
SCAMP4-210ENST00000588555 DNAJC5BQ9UF47 199 aa44.36■■■■■ 4.69
SCAMP4-210ENST00000588555 CFTRP13569 1480 aa44.13■■■■■ 4.66
SCAMP4-210ENST00000588555 CADPSQ9ULU8 1353 aa44.02■■■■■ 4.64
SCAMP4-210ENST00000588555 ABCC8Q09428 1581 aa43.92■■■■■ 4.62
SCAMP4-210ENST00000588555 PRDM2Q13029 1718 aa43.91■■■■■ 4.62
SCAMP4-210ENST00000588555 TRIM41Q8WV44 630 aa43.81■■■■■ 4.6
SCAMP4-210ENST00000588555 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa43.76■■■■■ 4.6
SCAMP4-210ENST00000588555 NESP48681 1621 aa43.75■■■■■ 4.59
SCAMP4-210ENST00000588555 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP43.68■■■■■ 4.58
SCAMP4-210ENST00000588555 SYNJ1O43426 1573 aa43.56■■■■■ 4.56
SCAMP4-210ENST00000588555 FANCD2Q9BXW9 1451 aa43.53■■■■■ 4.56
SCAMP4-210ENST00000588555 TOP2BQ02880 1626 aa43.41■■■■■ 4.54
SCAMP4-210ENST00000588555 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa43.4■■■■■ 4.54
SCAMP4-210ENST00000588555 CUX1P39880 1505 aa43.38■■■■■ 4.53
SCAMP4-210ENST00000588555 PDS5BQ9NTI5 1447 aa43.38■■■■■ 4.53
SCAMP4-210ENST00000588555 CEP164Q9UPV0 1460 aa43.29■■■■■ 4.52
SCAMP4-210ENST00000588555 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa43.24■■■■■ 4.51
SCAMP4-210ENST00000588555 DNMBPQ6XZF7 1577 aa43.1■■■■■ 4.49
SCAMP4-210ENST00000588555 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP43.04■■■■■ 4.48
SCAMP4-210ENST00000588555 TOPBP1Q92547 1522 aa43.04■■■■■ 4.48
SCAMP4-210ENST00000588555 SOGA1O94964 1423 aa43.02■■■■■ 4.48
SCAMP4-210ENST00000588555 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP42.95■■■■■ 4.47
SCAMP4-210ENST00000588555 FGD5Q6ZNL6 1462 aa42.94■■■■■ 4.46
SCAMP4-210ENST00000588555 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa42.89■■■■■ 4.46
SCAMP4-210ENST00000588555 EEA1Q15075 1411 aa42.87■■■■■ 4.45
SCAMP4-210ENST00000588555 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.87■■■■■ 4.45
SCAMP4-210ENST00000588555 ERCC6Q03468 1493 aa42.81■■■■■ 4.44
SCAMP4-210ENST00000588555 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP42.81■■■■■ 4.44
SCAMP4-210ENST00000588555 WDR62O43379 1518 aa42.69■■■■■ 4.43
SCAMP4-210ENST00000588555 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa42.67■■■■■ 4.42
SCAMP4-210ENST00000588555 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.66■■■■■ 4.42
SCAMP4-210ENST00000588555 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa42.63■■■■■ 4.42
SCAMP4-210ENST00000588555 CSRNP3Q8WYN3 585 aa42.62■■■■■ 4.41
SCAMP4-210ENST00000588555 KIF27Q86VH2 1401 aa42.6■■■■■ 4.41
SCAMP4-210ENST00000588555 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa42.58■■■■■ 4.41
SCAMP4-210ENST00000588555 CUX2O14529 1486 aa42.56■■■■■ 4.4
SCAMP4-210ENST00000588555 WDR97A6NE52 1622 aa42.52■■■■■ 4.4
SCAMP4-210ENST00000588555 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP42.46■■■■■ 4.39
SCAMP4-210ENST00000588555 KIF21BO75037 1637 aa42.37■■■■■ 4.37
SCAMP4-210ENST00000588555 EHMT2Q96KQ7 1210 aa42.31■■■■■ 4.36
SCAMP4-210ENST00000588555 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa42.29■■■■■ 4.36
SCAMP4-210ENST00000588555 IFT140Q96RY7 1462 aa42.28■■■■■ 4.36
SCAMP4-210ENST00000588555 IGF1RP08069 1367 aa42.28■■■■■ 4.36
SCAMP4-210ENST00000588555 PRXQ9BXM0 1461 aa42.27■■■■■ 4.36
SCAMP4-210ENST00000588555 GOLGA3Q08378 1498 aa42.25■■■■■ 4.35
SCAMP4-210ENST00000588555 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP42.22■■■■■ 4.35
SCAMP4-210ENST00000588555 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa42.17■■■■■ 4.34
SCAMP4-210ENST00000588555 GAPVD1Q14C86 1478 aa42.16■■■■■ 4.34
SCAMP4-210ENST00000588555 ERICH3Q5RHP9 1530 aa42.16■■■■■ 4.34
SCAMP4-210ENST00000588555 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP42.07■■■■■ 4.33
SCAMP4-210ENST00000588555 TNIKQ9UKE5 1360 aa42.05■■■■■ 4.32
SCAMP4-210ENST00000588555 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP42.03■■■■■ 4.321e-8■■■■■ 36.9
SCAMP4-210ENST00000588555 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa42.03■■■■■ 4.32
SCAMP4-210ENST00000588555 CUL7Q14999 1698 aa42.01■■■■■ 4.32
SCAMP4-210ENST00000588555 PBRM1Q86U86 1689 aa41.98■■■■■ 4.31
SCAMP4-210ENST00000588555 UBTFP17480 764 aaKnown RBP41.98■■■■■ 4.31
SCAMP4-210ENST00000588555 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP41.94■■■■■ 4.3
SCAMP4-210ENST00000588555 GRIN2BQ13224 1484 aa41.89■■■■■ 4.3
SCAMP4-210ENST00000588555 CEP162Q5TB80 1403 aa41.79■■■■■ 4.28
SCAMP4-210ENST00000588555 ADAMTS12P58397 1594 aa41.75■■■■■ 4.27
SCAMP4-210ENST00000588555 FHAD1B1AJZ9 1412 aa41.7■■■■■ 4.27
SCAMP4-210ENST00000588555 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa41.65■■■■■ 4.26
SCAMP4-210ENST00000588555 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP41.59■■■■■ 4.25
SCAMP4-210ENST00000588555 CLIP1P30622 1438 aa41.55■■■■■ 4.24
SCAMP4-210ENST00000588555 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa41.49■■■■■ 4.23
SCAMP4-210ENST00000588555 SYNJ2O15056 1496 aa41.43■■■■■ 4.22
SCAMP4-210ENST00000588555 GRIN2AQ12879 1464 aa41.4■■■■■ 4.22
SCAMP4-210ENST00000588555 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP41.35■■■■■ 4.21
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