RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000578709.5

ERBB2-209, Transcript of erb-b2 receptor tyrosine kinase 2, human

TSL 4

Gene ERBB2, Length 559 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ERBB2-209	ENST00000578709	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		57.27	■■■■■ 6.76
ERBB2-209	ENST00000578709	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		50.8	■■■■■ 5.72
ERBB2-209	ENST00000578709	ABCC9	O60706	1549 aa		49.38	■■■■■ 5.5
ERBB2-209	ENST00000578709	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	47.78	■■■■■ 5.24
ERBB2-209	ENST00000578709	NACAD	O15069	1562 aa		47.71	■■■■■ 5.23
ERBB2-209	ENST00000578709	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		47.66	■■■■■ 5.22
ERBB2-209	ENST00000578709	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		47.62	■■■■■ 5.21
ERBB2-209	ENST00000578709	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.56	■■■■■ 5.2
ERBB2-209	ENST00000578709	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		47.45	■■■■■ 5.19
ERBB2-209	ENST00000578709	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		46.59	■■■■■ 5.05
ERBB2-209	ENST00000578709	SCRIB	Q14160	1630 aa		46.32	■■■■■ 5.01
ERBB2-209	ENST00000578709	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		46.24	■■■■■ 4.99
ERBB2-209	ENST00000578709	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.18	■■■■■ 4.98
ERBB2-209	ENST00000578709	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		45.81	■■■■■ 4.92
ERBB2-209	ENST00000578709	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		45.1	■■■■■ 4.81
ERBB2-209	ENST00000578709	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	44.97	■■■■■ 4.79
ERBB2-209	ENST00000578709	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		44.72	■■■■■ 4.75
ERBB2-209	ENST00000578709	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.57	■■■■■ 4.73
ERBB2-209	ENST00000578709	SMARCA4	P51532	1647 aa		44.37	■■■■■ 4.69
ERBB2-209	ENST00000578709	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	44.36	■■■■■ 4.69
ERBB2-209	ENST00000578709	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		44.13	■■■■■ 4.65
ERBB2-209	ENST00000578709	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		44.07	■■■■■ 4.65
ERBB2-209	ENST00000578709	SMARCA2	P51531	1590 aa		44.03	■■■■■ 4.64
ERBB2-209	ENST00000578709	NCAPD3	P42695	1498 aa		44.02	■■■■■ 4.64
ERBB2-209	ENST00000578709	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.97	■■■■■ 4.63
ERBB2-209	ENST00000578709	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.83	■■■■■ 4.61
ERBB2-209	ENST00000578709	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	43.73	■■■■■ 4.59
ERBB2-209	ENST00000578709	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	43.7	■■■■■ 4.59
ERBB2-209	ENST00000578709	WIZ	O95785	1651 aa		43.65	■■■■■ 4.58
ERBB2-209	ENST00000578709	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	43.23	■■■■■ 4.51
ERBB2-209	ENST00000578709	NES	P48681	1621 aa		42.83	■■■■■ 4.45
ERBB2-209	ENST00000578709	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		42.79	■■■■■ 4.44
ERBB2-209	ENST00000578709	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	42.75	■■■■■ 4.43
ERBB2-209	ENST00000578709	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.74	■■■■■ 4.43
ERBB2-209	ENST00000578709	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		42.71	■■■■■ 4.43
ERBB2-209	ENST00000578709	CFTR	P13569	1480 aa		42.55	■■■■■ 4.4
ERBB2-209	ENST00000578709	ERCC6	Q03468	1493 aa		42.54	■■■■■ 4.4
ERBB2-209	ENST00000578709	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.49	■■■■■ 4.39
ERBB2-209	ENST00000578709	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.34	■■■■■ 4.37
ERBB2-209	ENST00000578709	PRDM2	Q13029	1718 aa		42.24	■■■■■ 4.35
ERBB2-209	ENST00000578709	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		42.23	■■■■■ 4.35
ERBB2-209	ENST00000578709	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.15	■■■■■ 4.34
ERBB2-209	ENST00000578709	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		42.15	■■■■■ 4.34
ERBB2-209	ENST00000578709	CUX2	O14529	1486 aa		42.04	■■■■■ 4.32
ERBB2-209	ENST00000578709	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		42.04	■■■■■ 4.32
ERBB2-209	ENST00000578709	WDR62	O43379	1518 aa		41.91	■■■■■ 4.3
ERBB2-209	ENST00000578709	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.8	■■■■■ 4.28
ERBB2-209	ENST00000578709	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.62	■■■■■ 4.25
ERBB2-209	ENST00000578709	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.59	■■■■■ 4.25
ERBB2-209	ENST00000578709	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.57	■■■■■ 4.25
ERBB2-209	ENST00000578709	CUX1	P39880	1505 aa		41.39	■■■■■ 4.22
ERBB2-209	ENST00000578709	IFT140	Q96RY7	1462 aa		41.27	■■■■■ 4.2
ERBB2-209	ENST00000578709	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	41.26	■■■■■ 4.2
ERBB2-209	ENST00000578709	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	41.21	■■■■■ 4.19
ERBB2-209	ENST00000578709	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		41.19	■■■■■ 4.18
ERBB2-209	ENST00000578709	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	41.13	■■■■■ 4.17
ERBB2-209	ENST00000578709	TOP2B	Q02880	1626 aa		41.11	■■■■■ 4.17
ERBB2-209	ENST00000578709	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		41.11	■■■■■ 4.17
ERBB2-209	ENST00000578709	SYNJ1	O43426	1573 aa		41.1	■■■■■ 4.17
ERBB2-209	ENST00000578709	SOGA1	O94964	1423 aa		41.08	■■■■■ 4.17
ERBB2-209	ENST00000578709	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		41.06	■■■■■ 4.16
ERBB2-209	ENST00000578709	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	41.04	■■■■■ 4.16
ERBB2-209	ENST00000578709	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	40.89	■■■■■ 4.14
ERBB2-209	ENST00000578709	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.85	■■■■■ 4.13
ERBB2-209	ENST00000578709	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.84	■■■■■ 4.13	8e-8	■■■■□ 20.9
ERBB2-209	ENST00000578709	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.83	■■■■■ 4.13
ERBB2-209	ENST00000578709	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.81	■■■■■ 4.12
ERBB2-209	ENST00000578709	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		40.64	■■■■■ 4.1
ERBB2-209	ENST00000578709	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.62	■■■■■ 4.09
ERBB2-209	ENST00000578709	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.58	■■■■■ 4.09
ERBB2-209	ENST00000578709	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.5	■■■■■ 4.07
ERBB2-209	ENST00000578709	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.47	■■■■■ 4.07
ERBB2-209	ENST00000578709	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	40.46	■■■■■ 4.07
ERBB2-209	ENST00000578709	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		40.42	■■■■■ 4.06
ERBB2-209	ENST00000578709	TRIM41	Q8WV44	630 aa		40.39	■■■■■ 4.06
ERBB2-209	ENST00000578709	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		40.35	■■■■■ 4.05
ERBB2-209	ENST00000578709	KIF27	Q86VH2	1401 aa		40.33	■■■■■ 4.05
ERBB2-209	ENST00000578709	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		40.32	■■■■■ 4.05
ERBB2-209	ENST00000578709	CHD1	O14646	1710 aa		40.32	■■■■■ 4.05
ERBB2-209	ENST00000578709	SYNJ2	O15056	1496 aa		40.29	■■■■■ 4.04
ERBB2-209	ENST00000578709	FBLN2	P98095	1184 aa		40.24	■■■■■ 4.03
ERBB2-209	ENST00000578709	ADAMTS12	P58397	1594 aa		40.23	■■■■■ 4.03
ERBB2-209	ENST00000578709	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	40.21	■■■■■ 4.03
ERBB2-209	ENST00000578709	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		40.17	■■■■■ 4.02
ERBB2-209	ENST00000578709	IGF1R	P08069	1367 aa		40.16	■■■■■ 4.02
ERBB2-209	ENST00000578709	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		40.11	■■■■■ 4.01
ERBB2-209	ENST00000578709	GRIN2A	Q12879	1464 aa		40.06	■■■■■ 4
ERBB2-209	ENST00000578709	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		40.03	■■■■■ 4
ERBB2-209	ENST00000578709	CUL7	Q14999	1698 aa		40.02	■■■■■ 4
ERBB2-209	ENST00000578709	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		39.92	■■■■□ 3.98
ERBB2-209	ENST00000578709	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		39.9	■■■■□ 3.98
ERBB2-209	ENST00000578709	NUP160	Q12769	1436 aa		39.9	■■■■□ 3.98
ERBB2-209	ENST00000578709	CEP170	Q5SW79	1584 aa		39.84	■■■■□ 3.97
ERBB2-209	ENST00000578709	EEA1	Q15075	1411 aa		39.76	■■■■□ 3.96
ERBB2-209	ENST00000578709	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		39.7	■■■■□ 3.95
ERBB2-209	ENST00000578709	ARHGEF11	O15085	1522 aa		39.68	■■■■□ 3.94
ERBB2-209	ENST00000578709	PRX	Q9BXM0	1461 aa		39.66	■■■■□ 3.94
ERBB2-209	ENST00000578709	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		39.65	■■■■□ 3.94
ERBB2-209	ENST00000578709	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		39.65	■■■■□ 3.94
ERBB2-209	ENST00000578709	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		39.65	■■■■□ 3.94

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