RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000570150.1

PKD1-238, Transcript of polycystin 1, transient receptor potential channel interacting, human

TSL 5

Gene PKD1, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PKD1-238	ENST00000570150	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		43.35	■■■■■ 4.53
PKD1-238	ENST00000570150	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		38.59	■■■■□ 3.77
PKD1-238	ENST00000570150	ABCC9	O60706	1549 aa		37.87	■■■■□ 3.65
PKD1-238	ENST00000570150	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		36.36	■■■■□ 3.41
PKD1-238	ENST00000570150	NACAD	O15069	1562 aa		36.36	■■■■□ 3.41
PKD1-238	ENST00000570150	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		36.24	■■■■□ 3.39
PKD1-238	ENST00000570150	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		36.2	■■■■□ 3.39
PKD1-238	ENST00000570150	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	36.11	■■■■□ 3.37
PKD1-238	ENST00000570150	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.02	■■■■□ 3.36
PKD1-238	ENST00000570150	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	35.37	■■■■□ 3.25
PKD1-238	ENST00000570150	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		35.34	■■■■□ 3.25
PKD1-238	ENST00000570150	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		35.26	■■■■□ 3.24
PKD1-238	ENST00000570150	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		35.09	■■■■□ 3.21
PKD1-238	ENST00000570150	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		35.09	■■■■□ 3.21
PKD1-238	ENST00000570150	SCRIB	Q14160	1630 aa		35.03	■■■■□ 3.2
PKD1-238	ENST00000570150	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	34.22	■■■■□ 3.07
PKD1-238	ENST00000570150	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		34.2	■■■■□ 3.07
PKD1-238	ENST00000570150	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		34.09	■■■■□ 3.05
PKD1-238	ENST00000570150	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	33.69	■■■□□ 2.98
PKD1-238	ENST00000570150	SMARCA4	P51532	1647 aa		33.58	■■■□□ 2.97
PKD1-238	ENST00000570150	SMARCA2	P51531	1590 aa		33.53	■■■□□ 2.96
PKD1-238	ENST00000570150	NCAPD3	P42695	1498 aa		33.52	■■■□□ 2.96
PKD1-238	ENST00000570150	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		33.45	■■■□□ 2.95
PKD1-238	ENST00000570150	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		33.36	■■■□□ 2.93
PKD1-238	ENST00000570150	HMGXB3	Q12766	1538 aa		33.35	■■■□□ 2.93
PKD1-238	ENST00000570150	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		33.29	■■■□□ 2.92
PKD1-238	ENST00000570150	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	33.24	■■■□□ 2.91
PKD1-238	ENST00000570150	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	33	■■■□□ 2.87
PKD1-238	ENST00000570150	WIZ	O95785	1651 aa		32.87	■■■□□ 2.85
PKD1-238	ENST00000570150	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	32.71	■■■□□ 2.83
PKD1-238	ENST00000570150	ERCC6	Q03468	1493 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PKD1-238	ENST00000570150	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PKD1-238	ENST00000570150	NES	P48681	1621 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PKD1-238	ENST00000570150	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PKD1-238	ENST00000570150	CUX2	O14529	1486 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PKD1-238	ENST00000570150	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PKD1-238	ENST00000570150	CFTR	P13569	1480 aa		32.33	■■■□□ 2.77
PKD1-238	ENST00000570150	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		32.27	■■■□□ 2.76
PKD1-238	ENST00000570150	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		32.24	■■■□□ 2.75
PKD1-238	ENST00000570150	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	32.16	■■■□□ 2.74
PKD1-238	ENST00000570150	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	32.14	■■■□□ 2.74
PKD1-238	ENST00000570150	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		32.13	■■■□□ 2.73
PKD1-238	ENST00000570150	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PKD1-238	ENST00000570150	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		32.11	■■■□□ 2.73
PKD1-238	ENST00000570150	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		32.05	■■■□□ 2.72
PKD1-238	ENST00000570150	PRDM2	Q13029	1718 aa		31.95	■■■□□ 2.71
PKD1-238	ENST00000570150	WDR62	O43379	1518 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PKD1-238	ENST00000570150	ABCC8	Q09428	1581 aa		31.81	■■■□□ 2.68
PKD1-238	ENST00000570150	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	31.69	■■■□□ 2.66
PKD1-238	ENST00000570150	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		31.56	■■■□□ 2.64
PKD1-238	ENST00000570150	TOPBP1	Q92547	1522 aa		31.56	■■■□□ 2.64
PKD1-238	ENST00000570150	IFT140	Q96RY7	1462 aa		31.48	■■■□□ 2.63
PKD1-238	ENST00000570150	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	31.28	■■■□□ 2.6
PKD1-238	ENST00000570150	CUX1	P39880	1505 aa		31.25	■■■□□ 2.59
PKD1-238	ENST00000570150	SOGA1	O94964	1423 aa		31.24	■■■□□ 2.59
PKD1-238	ENST00000570150	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		31.21	■■■□□ 2.59
PKD1-238	ENST00000570150	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.19	■■■□□ 2.58
PKD1-238	ENST00000570150	WDR97	A6NE52	1622 aa		31.17	■■■□□ 2.58
PKD1-238	ENST00000570150	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		31.17	■■■□□ 2.58
PKD1-238	ENST00000570150	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	31.16	■■■□□ 2.58
PKD1-238	ENST00000570150	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	31.16	■■■□□ 2.58
PKD1-238	ENST00000570150	TOP2B	Q02880	1626 aa		31.07	■■■□□ 2.56
PKD1-238	ENST00000570150	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		31.06	■■■□□ 2.56
PKD1-238	ENST00000570150	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	31.05	■■■□□ 2.56
PKD1-238	ENST00000570150	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		31.02	■■■□□ 2.56
PKD1-238	ENST00000570150	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	31	■■■□□ 2.55	1e-9	■■□□□ 11.8
PKD1-238	ENST00000570150	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		30.98	■■■□□ 2.55
PKD1-238	ENST00000570150	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	30.97	■■■□□ 2.55
PKD1-238	ENST00000570150	SYNJ1	O43426	1573 aa		30.92	■■■□□ 2.54
PKD1-238	ENST00000570150	GRIN2B	Q13224	1484 aa		30.91	■■■□□ 2.54
PKD1-238	ENST00000570150	TRIM41	Q8WV44	630 aa		30.91	■■■□□ 2.54
PKD1-238	ENST00000570150	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		30.87	■■■□□ 2.53
PKD1-238	ENST00000570150	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	30.86	■■■□□ 2.53
PKD1-238	ENST00000570150	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		30.76	■■■□□ 2.51
PKD1-238	ENST00000570150	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		30.75	■■■□□ 2.51
PKD1-238	ENST00000570150	FBLN2	P98095	1184 aa		30.73	■■■□□ 2.51
PKD1-238	ENST00000570150	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	30.73	■■■□□ 2.51
PKD1-238	ENST00000570150	SYNJ2	O15056	1496 aa		30.7	■■■□□ 2.5
PKD1-238	ENST00000570150	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		30.66	■■■□□ 2.5
PKD1-238	ENST00000570150	PBRM1	Q86U86	1689 aa		30.65	■■■□□ 2.5
PKD1-238	ENST00000570150	CHD1	O14646	1710 aa		30.63	■■■□□ 2.49
PKD1-238	ENST00000570150	KIF27	Q86VH2	1401 aa		30.63	■■■□□ 2.49
PKD1-238	ENST00000570150	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		30.61	■■■□□ 2.49
PKD1-238	ENST00000570150	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		30.61	■■■□□ 2.49
PKD1-238	ENST00000570150	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		30.61	■■■□□ 2.49
PKD1-238	ENST00000570150	ARHGEF11	O15085	1522 aa		30.57	■■■□□ 2.48
PKD1-238	ENST00000570150	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		30.56	■■■□□ 2.48
PKD1-238	ENST00000570150	ADAMTS12	P58397	1594 aa		30.48	■■■□□ 2.47
PKD1-238	ENST00000570150	GRIN2A	Q12879	1464 aa		30.44	■■■□□ 2.46
PKD1-238	ENST00000570150	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		30.41	■■■□□ 2.46
PKD1-238	ENST00000570150	IGF1R	P08069	1367 aa		30.39	■■■□□ 2.45
PKD1-238	ENST00000570150	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		30.35	■■■□□ 2.45
PKD1-238	ENST00000570150	CUL7	Q14999	1698 aa		30.35	■■■□□ 2.45
PKD1-238	ENST00000570150	NUP160	Q12769	1436 aa		30.32	■■■□□ 2.44
PKD1-238	ENST00000570150	ARAP1	Q96P48	1450 aa		30.3	■■■□□ 2.44
PKD1-238	ENST00000570150	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		30.26	■■■□□ 2.43
PKD1-238	ENST00000570150	CEP170	Q5SW79	1584 aa		30.17	■■■□□ 2.42
PKD1-238	ENST00000570150	EEA1	Q15075	1411 aa		30.14	■■■□□ 2.42
PKD1-238	ENST00000570150	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		30.09	■■■□□ 2.41
PKD1-238	ENST00000570150	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		30.09	■■■□□ 2.41

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 141.8 ms