RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000518930.1

PCM1-209, Transcript of pericentriolar material 1, human

TSL 3

Gene PCM1, Length 575 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PCM1-209	ENST00000518930	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		57.82	■■■■■ 6.85
PCM1-209	ENST00000518930	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		51.26	■■■■■ 5.8
PCM1-209	ENST00000518930	ABCC9	O60706	1549 aa		49.51	■■■■■ 5.52
PCM1-209	ENST00000518930	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	48.31	■■■■■ 5.32
PCM1-209	ENST00000518930	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		48.05	■■■■■ 5.28
PCM1-209	ENST00000518930	NACAD	O15069	1562 aa		48	■■■■■ 5.27
PCM1-209	ENST00000518930	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		47.94	■■■■■ 5.26
PCM1-209	ENST00000518930	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		47.88	■■■■■ 5.26
PCM1-209	ENST00000518930	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.87	■■■■■ 5.25
PCM1-209	ENST00000518930	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		46.88	■■■■■ 5.09
PCM1-209	ENST00000518930	SCRIB	Q14160	1630 aa		46.8	■■■■■ 5.08
PCM1-209	ENST00000518930	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		46.39	■■■■■ 5.02
PCM1-209	ENST00000518930	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.3	■■■■■ 5
PCM1-209	ENST00000518930	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		46.03	■■■■■ 4.96
PCM1-209	ENST00000518930	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	45.16	■■■■■ 4.82
PCM1-209	ENST00000518930	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.94	■■■■■ 4.78
PCM1-209	ENST00000518930	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		44.84	■■■■■ 4.77
PCM1-209	ENST00000518930	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	44.83	■■■■■ 4.77
PCM1-209	ENST00000518930	SMARCA4	P51532	1647 aa		44.8	■■■■■ 4.76
PCM1-209	ENST00000518930	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		44.76	■■■■■ 4.76
PCM1-209	ENST00000518930	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		44.56	■■■■■ 4.72
PCM1-209	ENST00000518930	SMARCA2	P51531	1590 aa		44.39	■■■■■ 4.7
PCM1-209	ENST00000518930	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		44.34	■■■■■ 4.69
PCM1-209	ENST00000518930	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		44.32	■■■■■ 4.69
PCM1-209	ENST00000518930	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	44.24	■■■■■ 4.67
PCM1-209	ENST00000518930	NCAPD3	P42695	1498 aa		44.21	■■■■■ 4.67
PCM1-209	ENST00000518930	WIZ	O95785	1651 aa		44.16	■■■■■ 4.66
PCM1-209	ENST00000518930	HMGXB3	Q12766	1538 aa		44.14	■■■■■ 4.66
PCM1-209	ENST00000518930	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	44.08	■■■■■ 4.65
PCM1-209	ENST00000518930	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	43.74	■■■■■ 4.59
PCM1-209	ENST00000518930	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	43.57	■■■■■ 4.57
PCM1-209	ENST00000518930	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		43.15	■■■■■ 4.5
PCM1-209	ENST00000518930	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		43.04	■■■■■ 4.48
PCM1-209	ENST00000518930	NES	P48681	1621 aa		43	■■■■■ 4.47
PCM1-209	ENST00000518930	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.96	■■■■■ 4.47
PCM1-209	ENST00000518930	CFTR	P13569	1480 aa		42.84	■■■■■ 4.45
PCM1-209	ENST00000518930	PRDM2	Q13029	1718 aa		42.73	■■■■■ 4.43
PCM1-209	ENST00000518930	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.71	■■■■■ 4.43
PCM1-209	ENST00000518930	ERCC6	Q03468	1493 aa		42.69	■■■■■ 4.42
PCM1-209	ENST00000518930	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.6	■■■■■ 4.41
PCM1-209	ENST00000518930	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		42.51	■■■■■ 4.4
PCM1-209	ENST00000518930	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		42.44	■■■■■ 4.38
PCM1-209	ENST00000518930	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.29	■■■■■ 4.36
PCM1-209	ENST00000518930	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		42.24	■■■■■ 4.35
PCM1-209	ENST00000518930	WDR62	O43379	1518 aa		42.09	■■■■■ 4.33
PCM1-209	ENST00000518930	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	42.03	■■■■■ 4.32
PCM1-209	ENST00000518930	CUX2	O14529	1486 aa		42	■■■■■ 4.31
PCM1-209	ENST00000518930	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.95	■■■■■ 4.31
PCM1-209	ENST00000518930	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.94	■■■■■ 4.3
PCM1-209	ENST00000518930	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.9	■■■■■ 4.3
PCM1-209	ENST00000518930	CUX1	P39880	1505 aa		41.79	■■■■■ 4.28
PCM1-209	ENST00000518930	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	41.75	■■■■■ 4.27
PCM1-209	ENST00000518930	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		41.64	■■■■■ 4.26
PCM1-209	ENST00000518930	SYNJ1	O43426	1573 aa		41.63	■■■■■ 4.26
PCM1-209	ENST00000518930	TOP2B	Q02880	1626 aa		41.62	■■■■■ 4.25
PCM1-209	ENST00000518930	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	41.58	■■■■■ 4.25
PCM1-209	ENST00000518930	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		41.58	■■■■■ 4.25
PCM1-209	ENST00000518930	IFT140	Q96RY7	1462 aa		41.51	■■■■■ 4.24
PCM1-209	ENST00000518930	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	41.4	■■■■■ 4.22
PCM1-209	ENST00000518930	SOGA1	O94964	1423 aa		41.4	■■■■■ 4.22
PCM1-209	ENST00000518930	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		41.36	■■■■■ 4.21
PCM1-209	ENST00000518930	WDR97	A6NE52	1622 aa		41.26	■■■■■ 4.2
PCM1-209	ENST00000518930	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	41.22	■■■■■ 4.19
PCM1-209	ENST00000518930	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		41.19	■■■■■ 4.18
PCM1-209	ENST00000518930	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	41.18	■■■■■ 4.18
PCM1-209	ENST00000518930	TRIM41	Q8WV44	630 aa		41.13	■■■■■ 4.17
PCM1-209	ENST00000518930	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	41.07	■■■■■ 4.16
PCM1-209	ENST00000518930	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	41.06	■■■■■ 4.16	2e-8	■■■■■ 32.2
PCM1-209	ENST00000518930	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		41.02	■■■■■ 4.16
PCM1-209	ENST00000518930	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.96	■■■■■ 4.15
PCM1-209	ENST00000518930	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		40.94	■■■■■ 4.14
PCM1-209	ENST00000518930	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.93	■■■■■ 4.14
PCM1-209	ENST00000518930	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.88	■■■■■ 4.13
PCM1-209	ENST00000518930	KIF27	Q86VH2	1401 aa		40.84	■■■■■ 4.13
PCM1-209	ENST00000518930	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.76	■■■■■ 4.12
PCM1-209	ENST00000518930	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		40.73	■■■■■ 4.11
PCM1-209	ENST00000518930	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	40.73	■■■■■ 4.11
PCM1-209	ENST00000518930	ADAMTS12	P58397	1594 aa		40.61	■■■■■ 4.09
PCM1-209	ENST00000518930	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		40.57	■■■■■ 4.09
PCM1-209	ENST00000518930	CHD1	O14646	1710 aa		40.57	■■■■■ 4.09
PCM1-209	ENST00000518930	SYNJ2	O15056	1496 aa		40.55	■■■■■ 4.08
PCM1-209	ENST00000518930	CUL7	Q14999	1698 aa		40.55	■■■■■ 4.08
PCM1-209	ENST00000518930	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		40.5	■■■■■ 4.07
PCM1-209	ENST00000518930	IGF1R	P08069	1367 aa		40.5	■■■■■ 4.07
PCM1-209	ENST00000518930	FBLN2	P98095	1184 aa		40.48	■■■■■ 4.07
PCM1-209	ENST00000518930	EEA1	Q15075	1411 aa		40.47	■■■■■ 4.07
PCM1-209	ENST00000518930	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	40.45	■■■■■ 4.07
PCM1-209	ENST00000518930	GRIN2A	Q12879	1464 aa		40.36	■■■■■ 4.05
PCM1-209	ENST00000518930	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		40.33	■■■■■ 4.05
PCM1-209	ENST00000518930	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		40.29	■■■■■ 4.04
PCM1-209	ENST00000518930	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	40.26	■■■■■ 4.04
PCM1-209	ENST00000518930	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		40.24	■■■■■ 4.03
PCM1-209	ENST00000518930	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		40.19	■■■■■ 4.03
PCM1-209	ENST00000518930	PRX	Q9BXM0	1461 aa		40.16	■■■■■ 4.02
PCM1-209	ENST00000518930	CEP170	Q5SW79	1584 aa		40.14	■■■■■ 4.02
PCM1-209	ENST00000518930	NUP160	Q12769	1436 aa		40.12	■■■■■ 4.01
PCM1-209	ENST00000518930	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PCM1-209	ENST00000518930	KIF21B	O75037	1637 aa		40.02	■■■■■ 4
PCM1-209	ENST00000518930	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		39.91	■■■■□ 3.98
PCM1-209	ENST00000518930	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		39.89	■■■■□ 3.98

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