RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460801.5

PTPRN-210, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 2

Gene PTPRN, Length 2,239 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-210ENST00000460801 NISCHQ9Y2I1 1504 aa30.42■■■□□ 2.46
PTPRN-210ENST00000460801 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.23■■□□□ 1.79
PTPRN-210ENST00000460801 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP25.64■■□□□ 1.7
PTPRN-210ENST00000460801 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.22■■□□□ 1.63
PTPRN-210ENST00000460801 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.12■■□□□ 1.61
PTPRN-210ENST00000460801 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRN-210ENST00000460801 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.63■■□□□ 1.53
PTPRN-210ENST00000460801 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP24.51■■□□□ 1.51
PTPRN-210ENST00000460801 ABCC9O60706 1549 aa24.45■■□□□ 1.51
PTPRN-210ENST00000460801 NACADO15069 1562 aa24.34■■□□□ 1.49
PTPRN-210ENST00000460801 SCRIBQ14160 1630 aa24.25■■□□□ 1.47
PTPRN-210ENST00000460801 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa24.01■■□□□ 1.43
PTPRN-210ENST00000460801 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.82■■□□□ 1.4
PTPRN-210ENST00000460801 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.72■■□□□ 1.39
PTPRN-210ENST00000460801 CECR2Q9BXF3 1484 aa23.64■■□□□ 1.38
PTPRN-210ENST00000460801 UNC13AQ9UPW8 1703 aa23.6■■□□□ 1.37
PTPRN-210ENST00000460801 MROH2BQ7Z745 1585 aa23.55■■□□□ 1.36
PTPRN-210ENST00000460801 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP23.43■■□□□ 1.34
PTPRN-210ENST00000460801 WIZO95785 1651 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRN-210ENST00000460801 BICRAQ9NZM4 1560 aa23.34■■□□□ 1.33
PTPRN-210ENST00000460801 SMARCA4P51532 1647 aa23.27■■□□□ 1.32
PTPRN-210ENST00000460801 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP23.19■■□□□ 1.3
PTPRN-210ENST00000460801 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.1■■□□□ 1.29
PTPRN-210ENST00000460801 TRIM41Q8WV44 630 aa22.98■■□□□ 1.27
PTPRN-210ENST00000460801 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.96■■□□□ 1.27
PTPRN-210ENST00000460801 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP22.94■■□□□ 1.26
PTPRN-210ENST00000460801 SMARCA2P51531 1590 aa22.93■■□□□ 1.26
PTPRN-210ENST00000460801 CCDC88BA6NC98 1476 aa22.92■■□□□ 1.26
PTPRN-210ENST00000460801 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa22.86■■□□□ 1.25
PTPRN-210ENST00000460801 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa22.78■■□□□ 1.24
PTPRN-210ENST00000460801 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.66■■□□□ 1.22
PTPRN-210ENST00000460801 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP22.61■■□□□ 1.21
PTPRN-210ENST00000460801 ABCC8Q09428 1581 aa22.61■■□□□ 1.21
PTPRN-210ENST00000460801 NCAPD3P42695 1498 aa22.49■■□□□ 1.19
PTPRN-210ENST00000460801 HMGXB3Q12766 1538 aa22.47■■□□□ 1.19
PTPRN-210ENST00000460801 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.38■■□□□ 1.17
PTPRN-210ENST00000460801 PCGF6Q9BYE7 350 aa22.31■■□□□ 1.16
PTPRN-210ENST00000460801 SOGA1O94964 1423 aa22.3■■□□□ 1.16
PTPRN-210ENST00000460801 EHMT2Q96KQ7 1210 aa22.29■■□□□ 1.16
PTPRN-210ENST00000460801 EEA1Q15075 1411 aa22.29■■□□□ 1.16
PTPRN-210ENST00000460801 SYNJ1O43426 1573 aa22.28■■□□□ 1.16
PTPRN-210ENST00000460801 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.2■■□□□ 1.14
PTPRN-210ENST00000460801 CSRNP3Q8WYN3 585 aa22.17■■□□□ 1.14
PTPRN-210ENST00000460801 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP22.16■■□□□ 1.14
PTPRN-210ENST00000460801 CFTRP13569 1480 aa22.14■■□□□ 1.13
PTPRN-210ENST00000460801 TOP2BQ02880 1626 aa22.13■■□□□ 1.13
PTPRN-210ENST00000460801 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa22.12■■□□□ 1.13
PTPRN-210ENST00000460801 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.08■■□□□ 1.13
PTPRN-210ENST00000460801 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.07■■□□□ 1.12
PTPRN-210ENST00000460801 HRCP23327 699 aa22.06■■□□□ 1.12
PTPRN-210ENST00000460801 GOLGA3Q08378 1498 aa22.02■■□□□ 1.12
PTPRN-210ENST00000460801 PRDM2Q13029 1718 aa22.01■■□□□ 1.11
PTPRN-210ENST00000460801 CEP162Q5TB80 1403 aa21.99■■□□□ 1.11
PTPRN-210ENST00000460801 KIF21BO75037 1637 aa21.98■■□□□ 1.11
PTPRN-210ENST00000460801 CUX1P39880 1505 aa21.98■■□□□ 1.11
PTPRN-210ENST00000460801 CEP164Q9UPV0 1460 aa21.97■■□□□ 1.11
PTPRN-210ENST00000460801 CADPSQ9ULU8 1353 aa21.96■■□□□ 1.11
PTPRN-210ENST00000460801 UBTFP17480 764 aaKnown RBP21.93■■□□□ 1.1
PTPRN-210ENST00000460801 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa21.8■■□□□ 1.08
PTPRN-210ENST00000460801 PRXQ9BXM0 1461 aa21.76■■□□□ 1.07
PTPRN-210ENST00000460801 KIF27Q86VH2 1401 aa21.75■■□□□ 1.07
PTPRN-210ENST00000460801 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP21.75■■□□□ 1.07
PTPRN-210ENST00000460801 ERICH3Q5RHP9 1530 aa21.74■■□□□ 1.07
PTPRN-210ENST00000460801 FANCD2Q9BXW9 1451 aa21.72■■□□□ 1.07
PTPRN-210ENST00000460801 CLIP1P30622 1438 aa21.7■■□□□ 1.06
PTPRN-210ENST00000460801 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.65■■□□□ 1.06
PTPRN-210ENST00000460801 NESP48681 1621 aa21.64■■□□□ 1.05
PTPRN-210ENST00000460801 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa21.62■■□□□ 1.05
PTPRN-210ENST00000460801 CUX2O14529 1486 aa21.6■■□□□ 1.05
PTPRN-210ENST00000460801 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.59■■□□□ 1.05
PTPRN-210ENST00000460801 VPS8Q8N3P4 1428 aa21.58■■□□□ 1.04
PTPRN-210ENST00000460801 IGF1RP08069 1367 aa21.56■■□□□ 1.04
PTPRN-210ENST00000460801 TOPBP1Q92547 1522 aa21.54■■□□□ 1.04
PTPRN-210ENST00000460801 DNAJC5BQ9UF47 199 aa21.52■■□□□ 1.04
PTPRN-210ENST00000460801 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP21.5■■□□□ 1.03
PTPRN-210ENST00000460801 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.48■■□□□ 1.03
PTPRN-210ENST00000460801 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa21.46■■□□□ 1.03
PTPRN-210ENST00000460801 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP21.46■■□□□ 1.03
PTPRN-210ENST00000460801 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP21.45■■□□□ 1.02
PTPRN-210ENST00000460801 PDS5BQ9NTI5 1447 aa21.45■■□□□ 1.02
PTPRN-210ENST00000460801 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa21.44■■□□□ 1.02
PTPRN-210ENST00000460801 ARAP1Q96P48 1450 aa21.43■■□□□ 1.02
PTPRN-210ENST00000460801 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.43■■□□□ 1.02
PTPRN-210ENST00000460801 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP21.43■■□□□ 1.02
PTPRN-210ENST00000460801 APLP2Q06481 763 aa21.36■■□□□ 1.01
PTPRN-210ENST00000460801 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa21.34■■□□□ 1.01
PTPRN-210ENST00000460801 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa21.34■■□□□ 1.01
PTPRN-210ENST00000460801 WDR97A6NE52 1622 aa21.33■■□□□ 1.01
PTPRN-210ENST00000460801 CUL7Q14999 1698 aa21.28■■□□□ 1
PTPRN-210ENST00000460801 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP21.25■□□□□ 0.99
PTPRN-210ENST00000460801 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa21.24■□□□□ 0.99
PTPRN-210ENST00000460801 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP21.2■□□□□ 0.98
PTPRN-210ENST00000460801 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.19■□□□□ 0.98
PTPRN-210ENST00000460801 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.18■□□□□ 0.98
PTPRN-210ENST00000460801 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.18■□□□□ 0.98
PTPRN-210ENST00000460801 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP21.15■□□□□ 0.98
PTPRN-210ENST00000460801 MRC2Q9UBG0 1479 aa21.15■□□□□ 0.98
PTPRN-210ENST00000460801 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa21.12■□□□□ 0.97
PTPRN-210ENST00000460801 MAP3K1Q13233 1512 aa21.1■□□□□ 0.97
PTPRN-210ENST00000460801 EFCAB5A4FU69 1503 aa21.08■□□□□ 0.97
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