RNA–Protein interactions for RNA: YHR088W

RPF1, Transcript of Protein involved in assembly and export of the large ribosomal subunit, yeast

Gene RPF1, Length 888 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RPF1	YHR088W	HRQ1	Q05549	1077 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	KCS1	Q12494	1050 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	CLN2	P20438	545 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	SCT1	P32784	759 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	KIN4	Q01919	800 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	SBA1	P28707	216 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	HRR25	P29295	494 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	GIC1	P38785	314 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	SAH1	P39954	449 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	NCS6	P53088	359 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	YLR225C	Q05948	407 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	NPC2	Q12408	173 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	AGP1	P25376	633 aa		4.79	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	SRP101	P32916	621 aa		4.79	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	OAR1	P35731	278 aa		4.79	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	YKR078W	P36158	585 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	SVF1	Q05515	481 aa		4.79	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	CDC12	P32468	407 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	GYP7	P48365	746 aa		4.78	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	YPT53	P36019	220 aa		4.77	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	EFT1	P32324	842 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	KTR4	P38131	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	GDE1	Q02979	1223 aa		4.76	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	SHE9	Q04172	456 aa		4.76	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	MOH1	P38191	138 aa		4.75	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	FAA4	P47912	694 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	PPM2	Q08282	695 aa		4.75	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	KAR4	P25583	335 aa		4.74	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	GUS1	P46655	708 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.74	□□□□□ -1.65	not detected
RPF1	YHR088W	ABD1	P32783	436 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	YBR238C	P38330	731 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	YER158C	P40095	573 aa		4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	UBA2	P52488	636 aa		4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	RAI1	P53063	387 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	TPO2	P53283	614 aa		4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	DUS3	Q06053	668 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	PIN2	Q12057	282 aa		4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	FAL1	Q12099	399 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	UPC2	Q12151	913 aa		4.73	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	TRP4	P07285	380 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	SED4	P25365	1065 aa		4.72	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	CDC48	P25694	835 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	MAD1	P40957	749 aa		4.72	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	YPR196W	Q06595	470 aa		4.72	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	LAS17	Q12446	633 aa		4.72	□□□□□ -1.65
RPF1	YHR088W	NPP2	P39997	493 aa		4.71	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	YKE2	P52553	114 aa		4.71	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	SFB2	P53953	876 aa		4.71	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	VPS30	Q02948	557 aa		4.71	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	VPS16	Q03308	798 aa		4.71	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	ADE8	P04161	214 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	MRP8	P35719	219 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	TSL1	P38427	1098 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	MBP1	P39678	833 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	BUL1	P48524	976 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	CWC24	P53769	259 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	TIM44	Q01852	431 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	ESC2	Q06340	456 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	OMS1	Q06668	471 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	YOL073C	Q08232	322 aa		4.7	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	CAD1	P24813	409 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	ERG4	P25340	473 aa		4.69	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	STE14	P32584	239 aa		4.69	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	VBA5	P36172	582 aa		4.69	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	SIT1	P39980	628 aa		4.69	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	WHI4	Q07655	649 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	YLR040C	Q07988	224 aa		4.69	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	OPI10	Q08202	246 aa		4.69	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	PPH3	P32345	308 aa		4.68	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	PBY1	P38254	753 aa		4.68	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	SUL1	P38359	859 aa		4.68	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	STU2	P46675	888 aa		4.68	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	RNT1	Q02555	471 aa		4.68	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	ACF2	Q12168	779 aa		4.68	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	NOT3	P06102	836 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	CCM1	P48237	864 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	YDR306C	Q06640	478 aa		4.67	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	MCH5	Q08777	521 aa		4.67	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	FBP1	P09201	348 aa		4.66	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	STE13	P33894	931 aa		4.66	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	IRR1	P40541	1150 aa		4.66	□□□□□ -1.66
RPF1	YHR088W	PRP9	P19736	530 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	AAR2	P32357	355 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	PPR1	P07272	904 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	SDP1	P40479	209 aa		4.64	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	QRI1	P43123	477 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	YML122C	Q03207	126 aa		4.64	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	NPL3	Q01560	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.63	□□□□□ -1.67	RIP-Chip
RPF1	YHR088W	TMN2	Q04562	672 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	PEX19	Q07418	342 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	TRM11	Q12463	433 aa		4.63	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	ALG7	P07286	448 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	YRO2	P38079	344 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	CTF8	P38877	133 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	ERG5	P54781	538 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	LCD1	Q04377	747 aa		4.62	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	MET3	P08536	511 aa		4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	RFA1	P22336	621 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	NPP1	P25353	742 aa		4.61	□□□□□ -1.67
RPF1	YHR088W	CDC11	P32458	415 aa		4.61	□□□□□ -1.67

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