Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J238

TRAV1-2, T-cell receptor alpha variable 1-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 106 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV1-2A0A0B4J238 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRAV1-2A0A0B4J238 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRAV1-2A0A0B4J238 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRAV1-2A0A0B4J238 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRAV1-2A0A0B4J238 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TRAV1-2A0A0B4J238 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRAV1-2A0A0B4J238 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
TRAV1-2A0A0B4J238 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TRAV1-2A0A0B4J238 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRAV1-2A0A0B4J238 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRAV1-2A0A0B4J238 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRAV1-2A0A0B4J238 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRAV1-2A0A0B4J238 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRAV1-2A0A0B4J238 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRAV1-2A0A0B4J238 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRAV1-2A0A0B4J238 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRAV1-2A0A0B4J238 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TRAV1-2A0A0B4J238 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRAV1-2A0A0B4J238 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
TRAV1-2A0A0B4J238 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TRAV1-2A0A0B4J238 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TRAV1-2A0A0B4J238 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRAV1-2A0A0B4J238 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRAV1-2A0A0B4J238 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRAV1-2A0A0B4J238 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TRAV1-2A0A0B4J238 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRAV1-2A0A0B4J238 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRAV1-2A0A0B4J238 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRAV1-2A0A0B4J238 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRAV1-2A0A0B4J238 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRAV1-2A0A0B4J238 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRAV1-2A0A0B4J238 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
TRAV1-2A0A0B4J238 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
TRAV1-2A0A0B4J238 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
TRAV1-2A0A0B4J238 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
TRAV1-2A0A0B4J238 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
TRAV1-2A0A0B4J238 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRAV1-2A0A0B4J238 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRAV1-2A0A0B4J238 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRAV1-2A0A0B4J238 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRAV1-2A0A0B4J238 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
TRAV1-2A0A0B4J238 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TRAV1-2A0A0B4J238 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRAV1-2A0A0B4J238 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRAV1-2A0A0B4J238 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRAV1-2A0A0B4J238 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRAV1-2A0A0B4J238 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRAV1-2A0A0B4J238 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRAV1-2A0A0B4J238 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRAV1-2A0A0B4J238 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRAV1-2A0A0B4J238 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRAV1-2A0A0B4J238 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRAV1-2A0A0B4J238 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRAV1-2A0A0B4J238 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRAV1-2A0A0B4J238 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRAV1-2A0A0B4J238 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRAV1-2A0A0B4J238 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRAV1-2A0A0B4J238 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRAV1-2A0A0B4J238 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRAV1-2A0A0B4J238 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRAV1-2A0A0B4J238 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRAV1-2A0A0B4J238 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRAV1-2A0A0B4J238 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRAV1-2A0A0B4J238 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRAV1-2A0A0B4J238 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRAV1-2A0A0B4J238 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRAV1-2A0A0B4J238 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRAV1-2A0A0B4J238 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRAV1-2A0A0B4J238 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRAV1-2A0A0B4J238 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRAV1-2A0A0B4J238 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRAV1-2A0A0B4J238 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRAV1-2A0A0B4J238 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRAV1-2A0A0B4J238 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRAV1-2A0A0B4J238 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRAV1-2A0A0B4J238 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRAV1-2A0A0B4J238 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRAV1-2A0A0B4J238 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRAV1-2A0A0B4J238 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
TRAV1-2A0A0B4J238 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRAV1-2A0A0B4J238 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRAV1-2A0A0B4J238 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRAV1-2A0A0B4J238 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRAV1-2A0A0B4J238 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRAV1-2A0A0B4J238 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRAV1-2A0A0B4J238 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRAV1-2A0A0B4J238 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRAV1-2A0A0B4J238 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRAV1-2A0A0B4J238 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRAV1-2A0A0B4J238 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TRAV1-2A0A0B4J238 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRAV1-2A0A0B4J238 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRAV1-2A0A0B4J238 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TRAV1-2A0A0B4J238 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRAV1-2A0A0B4J238 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRAV1-2A0A0B4J238 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRAV1-2A0A0B4J238 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TRAV1-2A0A0B4J238 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRAV1-2A0A0B4J238 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms