Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ITIH3-205ENST00000465243 824 ntTSL 59.43□□□□□ -0.92e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 NDRG1-203ENST00000517331 584 ntTSL 513.88□□□□□ -0.197e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 RPL3-205ENST00000427905 782 ntTSL 512.75□□□□□ -0.371e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 MORC2-202ENST00000397641 5181 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.442e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 MORC2-201ENST00000215862 4469 ntTSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.642e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 RPL3-204ENST00000420536 711 ntTSL 58.03□□□□□ -1.121e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.115e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.115e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.815e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.655e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.445e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.445e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.821e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.81e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.051e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 KIF22-202ENST00000400751 2493 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.231e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.881e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 BAG6-262ENST00000470875 1000 ntTSL 519.54■□□□□ 0.724e-10■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 ZFYVE27-210ENST00000477521 743 ntTSL 29.87□□□□□ -0.832e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 NME4-208ENST00000454619 719 ntTSL 511.61□□□□□ -0.558e-31■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 ATG4B-222ENST00000491867 435 ntTSL 511.27□□□□□ -0.617e-19■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 SLC12A4-218ENST00000576513 412 ntTSL 513.06□□□□□ -0.321e-9■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 AP1G2-223ENST00000556277 891 ntTSL 515.5■□□□□ 0.078e-8■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 DGKD-204ENST00000430834 5379 ntTSL 1 (best)15.7■□□□□ 0.12e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 DGKD-201ENST00000264057 6297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.012e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 DGKD-202ENST00000409813 6228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.132e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 SMARCC1-204ENST00000462198 785 ntTSL 25.66□□□□□ -1.53e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 DST-206ENST00000370788 17657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.632e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 DST-207ENST00000421834 18030 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.46□□□□□ -0.742e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 DST-202ENST00000312431 17756 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.37□□□□□ -1.552e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 DST-201ENST00000244364 16742 ntTSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.672e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 DST-204ENST00000361203 22431 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.56□□□□□ -1.842e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 AC008982.1-201ENST00000594769 963 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.86□□□□□ -0.832e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 AC008982.1-202ENST00000602021 342 ntTSL 56.89□□□□□ -1.312e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 CKB-203ENST00000553610 542 ntTSL 315.5■□□□□ 0.072e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 CKB-210ENST00000554989 625 ntTSL 214.28□□□□□ -0.122e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 CKB-211ENST00000555039 270 ntTSL 513.78□□□□□ -0.22e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 PLCG1-221ENST00000619272 330 ntTSL 312.52□□□□□ -0.412e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 PLCG1-219ENST00000612731 544 ntTSL 312.21□□□□□ -0.452e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 CKB-212ENST00000555366 419 ntTSL 212.05□□□□□ -0.482e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 TLN1-204ENST00000465002 543 ntTSL 410.53□□□□□ -0.722e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 TLN1-205ENST00000466916 446 ntTSL 210.02□□□□□ -0.812e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 CLASRP-209ENST00000588016 967 ntTSL 29.02□□□□□ -0.972e-6■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 SPAG4-205ENST00000463973 981 ntTSL 515.35■□□□□ 0.054e-7■■■■□ 24.5
SF3A3Q12874 RABL6-209ENST00000466096 3949 ntTSL 1 (best)16.01■□□□□ 0.157e-8■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 ZNF444-210ENST00000592171 688 ntTSL 319.1■□□□□ 0.655e-14■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 ZNF444-204ENST00000587236 5565 ntTSL 217.37■□□□□ 0.375e-14■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAR1A-204ENST00000373241 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.122e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAR1A-205ENST00000373242 5981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.88□□□□□ -0.992e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAR1A-206ENST00000431664 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.22□□□□□ -1.092e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAR1A-202ENST00000373238 3227 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.05□□□□□ -1.122e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAR1A-201ENST00000373236 437 ntTSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.52e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.681e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 NOP9-203ENST00000557362 455 ntTSL 515.73■□□□□ 0.112e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 PLEKHG2-206ENST00000458508 3898 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.071e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 PLEKHG2-201ENST00000205135 4209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)15□□□□□ -0.011e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 PLEKHG2-203ENST00000425673 8132 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.291e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.46e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.36e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 KIF18B-202ENST00000587309 4217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.546e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 EPS8L2-225ENST00000533816 540 ntTSL 515.75■□□□□ 0.116e-8■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.182e-9■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.012e-9■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 DAPK3-205ENST00000595279 2058 ntTSL 220.27■□□□□ 0.842e-9■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 DAPK3-204ENST00000594894 617 ntTSL 318.15■□□□□ 0.52e-9■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 PAM16-203ENST00000571819 317 ntTSL 514.5□□□□□ -0.092e-9■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 FANCA-223ENST00000567284 479 ntTSL 39.03□□□□□ -0.965e-22■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 DGCR8-201ENST00000351989 4514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.035e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 DGCR8-202ENST00000383024 4419 ntTSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.385e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 NXF1-213ENST00000532297 2795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.195e-13■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 NXF1-201ENST00000294172 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.075e-13■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 NXF1-207ENST00000530875 1922 ntTSL 1 (best)13.8□□□□□ -0.25e-13■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 NXF1-210ENST00000531579 590 ntTSL 413.4□□□□□ -0.265e-13■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 NXF1-211ENST00000531709 4128 ntTSL 1 (best) BASIC12.57□□□□□ -0.45e-13■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 NXF1-212ENST00000531872 390 ntTSL 56.08□□□□□ -1.445e-13■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAT1-203ENST00000379254 868 ntTSL 3 BASIC12.93□□□□□ -0.342e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAT1-204ENST00000379270 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.93□□□□□ -0.342e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAT1-209ENST00000489394 1135 ntTSL 29.54□□□□□ -0.882e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SAT1-206ENST00000463236 735 ntTSL 35.96□□□□□ -1.462e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 HNRNPA1-209ENST00000550482 832 ntTSL 213.38□□□□□ -0.271e-8■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 TRIO-214ENST00000509967 4949 ntTSL 2 BASIC9.71□□□□□ -0.852e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 CTBP1-211ENST00000511907 900 ntTSL 316.9■□□□□ 0.31e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 CTBP1-210ENST00000510739 774 ntTSL 314.04□□□□□ -0.161e-7■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SYVN1-210ENST00000528487 775 ntTSL 512.85□□□□□ -0.352e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SYVN1-208ENST00000527142 796 ntTSL 59.54□□□□□ -0.882e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SYVN1-213ENST00000531018 826 ntTSL 38.24□□□□□ -1.092e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SYVN1-214ENST00000532771 709 ntTSL 38.22□□□□□ -1.092e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SYVN1-207ENST00000526121 578 ntTSL 37.85□□□□□ -1.152e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 SYVN1-211ENST00000529207 811 ntTSL 57.69□□□□□ -1.182e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 TBCD-207ENST00000571796 1940 ntTSL 1 (best)18.92■□□□□ 0.622e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 TBCD-213ENST00000574422 879 ntTSL 210.21□□□□□ -0.772e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 TBCD-224ENST00000576760 1059 ntTSL 510.04□□□□□ -0.82e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 TBCD-217ENST00000574975 867 ntTSL 59.62□□□□□ -0.872e-6■■■■□ 24.4
SF3A3Q12874 MAN2C1-212ENST00000563441 2664 ntTSL 1 (best)15.48■□□□□ 0.073e-7■■■■□ 24.3
SF3A3Q12874 NCLN-204ENST00000588428 1080 ntTSL 518.4■□□□□ 0.542e-7■■■■□ 24.3
SF3A3Q12874 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.697e-7■■■■□ 24.3
SF3A3Q12874 GPATCH3-203ENST00000450844 521 ntTSL 215.3■□□□□ 0.047e-7■■■■□ 24.3
SF3A3Q12874 GPATCH3-202ENST00000445019 546 ntTSL 312.52□□□□□ -0.417e-7■■■■□ 24.3
SF3A3Q12874 FBXO18-204ENST00000460453 634 ntTSL 210.85□□□□□ -0.677e-7■■■■□ 24.3
SF3A3Q12874 SKIV2L-204ENST00000465703 4507 ntTSL 1 (best)16.57■□□□□ 0.241e-7■■■■□ 24.3
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