Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SCN3AQ9NY46 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN3AQ9NY46 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN3AQ9NY46 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN3AQ9NY46 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN3AQ9NY46 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.4 ms