Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SCN2AQ99250 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
SCN2AQ99250 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SCN2AQ99250 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN2AQ99250 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms