Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
RPUSD4Q96CM3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
RPUSD4Q96CM3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
RPUSD4Q96CM3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
RPUSD4Q96CM3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 122.6 ms