Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
ERCC4Q92889 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
ERCC4Q92889 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
ERCC4Q92889 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
ERCC4Q92889 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
ERCC4Q92889 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms