Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.96
USP41Q3LFD5 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
USP41Q3LFD5 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP41Q3LFD5 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP41Q3LFD5 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP41Q3LFD5 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP41Q3LFD5 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms