Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC9Q9Y3X0 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC9Q9Y3X0 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.2 ms