Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMARCB1Q12824 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMARCB1Q12824 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.9 ms