Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
CCDC39Q9UFE4 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC39Q9UFE4 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms