Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SF3A1Q15459 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
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