Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
HOXA4Q00056 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXA4Q00056 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms