Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY59

SMPD3, Sphingomyelin phosphodiesterase 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 655 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD3Q9NY59 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMPD3Q9NY59 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMPD3Q9NY59 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMPD3Q9NY59 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMPD3Q9NY59 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SMPD3Q9NY59 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SMPD3Q9NY59 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SMPD3Q9NY59 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMPD3Q9NY59 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMPD3Q9NY59 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMPD3Q9NY59 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SMPD3Q9NY59 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 173.4 ms