Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC32.98■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC32.97■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC32.94■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC32.92■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
CHMP4AQ9BY43 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC32.85■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC32.84■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC32.83■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
CHMP4AQ9BY43 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC32.82■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC32.82■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC32.82■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC32.82■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC32.82■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC32.79■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC32.77■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
CHMP4AQ9BY43 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC32.72■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC32.71■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.71■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
CHMP4AQ9BY43 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC32.7■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.69■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.64■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC32.64■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC32.64■■■□□ 2.82
CHMP4AQ9BY43 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms