Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
VPS39Q96JC1 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS39Q96JC1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS39Q96JC1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS39Q96JC1 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS39Q96JC1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms