Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SPAG5-205ENST00000578230 335 ntTSL 33.63□□□□□ -1.832e-15■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.561e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.391e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.351e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-215ENST00000637657 2118 ntTSL 515.8■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-211ENST00000636366 1654 ntTSL 514.39□□□□□ -0.111e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-213ENST00000636475 1971 ntTSL 512.95□□□□□ -0.341e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-212ENST00000636420 1418 ntTSL 59.5□□□□□ -0.891e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-205ENST00000424527 447 ntTSL 35.89□□□□□ -1.471e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 PCCA-207ENST00000443601 418 ntTSL 54.8□□□□□ -1.641e-7■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 EIF5-215ENST00000560763 723 ntTSL 225.16■■□□□ 1.621e-23■■■■■ 30.5
U2AF1Q01081 EIF5-210ENST00000559249 704 ntTSL 221.93■■□□□ 1.11e-23■■■■■ 30.5
U2AF1Q01081 EIF5-216ENST00000560877 521 ntTSL 418.31■□□□□ 0.521e-23■■■■■ 30.5
U2AF1Q01081 NUFIP2-202ENST00000579665 559 ntTSL 1 (best) BASIC5.94□□□□□ -1.462e-14■■■■■ 30.4
U2AF1Q01081 NUFIP2-201ENST00000225388 10850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.692e-14■■■■■ 30.4
U2AF1Q01081 TCP1-217ENST00000546023 1135 ntTSL 1 (best)33.94■■■■□ 3.026e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-214ENST00000543532 561 ntTSL 432.6■■■□□ 2.816e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-209ENST00000538128 557 ntTSL 430.56■■■□□ 2.486e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.376e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-208ENST00000537390 691 ntTSL 526.51■■□□□ 1.836e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-213ENST00000543517 561 ntTSL 425.37■■□□□ 1.656e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-206ENST00000536607 572 ntTSL 224.01■■□□□ 1.436e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.166e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.896e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-210ENST00000538530 918 ntTSL 520.41■□□□□ 0.866e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-211ENST00000539756 780 ntTSL 320.32■□□□□ 0.846e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 TCP1-215ENST00000544255 1403 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.416e-16■■■■■ 30.3
U2AF1Q01081 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.273e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.973e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-210ENST00000510855 686 ntTSL 218.66■□□□□ 0.583e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.533e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.483e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-213ENST00000511987 1298 ntTSL 1 (best)15.15■□□□□ 0.023e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-219ENST00000514613 2523 ntTSL 29.29□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-204ENST00000505173 2369 ntTSL 58.65□□□□□ -1.023e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-209ENST00000510283 4949 ntTSL 2 BASIC7.99□□□□□ -1.133e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-221ENST00000576492 554 ntTSL 54.72□□□□□ -1.653e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 SPAG9-203ENST00000502329 528 ntTSL 24.6□□□□□ -1.673e-8■■■■■ 30.1
U2AF1Q01081 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.882e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 GK-211ENST00000487652 565 ntTSL 417.91■□□□□ 0.462e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 GK-208ENST00000471362 420 ntTSL 316.61■□□□□ 0.252e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 GK-209ENST00000479048 582 ntTSL 412.31□□□□□ -0.442e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 WSB1-212ENST00000583096 834 ntTSL 35.98□□□□□ -1.458e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 ATXN2L-226ENST00000570284 701 ntTSL 520.9■□□□□ 0.942e-22■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-216ENST00000601816 682 ntTSL 334.87■■■■□ 3.179e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.492e-8■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.229e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-220ENST00000627232 1530 ntTSL 528.93■■■□□ 2.229e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-212ENST00000599454 529 ntTSL 328.26■■■□□ 2.119e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-203ENST00000593946 1723 ntTSL 1 (best)27.61■■■□□ 2.019e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.992e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.969e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.829e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.742e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.732e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.739e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.712e-8■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.579e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 RPS13-203ENST00000525828 664 ntTSL 222.94■■□□□ 1.269e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.032e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.922e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-204ENST00000594661 2111 ntTSL 219.87■□□□□ 0.779e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-202ENST00000593706 849 ntTSL 319.67■□□□□ 0.749e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 RPS13-204ENST00000526895 561 ntTSL 319.3■□□□□ 0.689e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-205ENST00000409636 3980 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.662e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-209ENST00000449105 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PVT1-203ENST00000513868 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.319e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PNKP-217ENST00000625216 629 ntTSL 516.82■□□□□ 0.289e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PTAR1-201ENST00000340434 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.19e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-207ENST00000425682 570 ntTSL 314.07□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 RPS13-201ENST00000228140 491 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.179e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 RPS13-202ENST00000525634 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.39□□□□□ -0.439e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 FAR2P4-201ENST00000416266 2210 ntTSL 212□□□□□ -0.492e-8■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PVT1-217ENST00000523190 443 ntTSL 38.93□□□□□ -0.989e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PVT1-214ENST00000522875 922 ntTSL 5 BASIC8.86□□□□□ -0.999e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 AC243919.1-201ENST00000613086 785 ntTSL 5 BASIC8.79□□□□□ -19e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 HNRNPLL-201ENST00000272249 2190 ntTSL 27.28□□□□□ -1.242e-6■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PTAR1-204ENST00000467511 530 ntTSL 26.71□□□□□ -1.349e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 RPS13-207ENST00000531008 594 ntTSL 26.7□□□□□ -1.349e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 RPS13-208ENST00000531908 746 ntTSL 26.55□□□□□ -1.369e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PVT1-211ENST00000521600 408 ntTSL 25.02□□□□□ -1.619e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PTAR1-202ENST00000377200 9876 ntTSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.649e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 UBE2Q2P2-203ENST00000613592 761 ntBASIC4.51□□□□□ -1.699e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 UBE2Q2P2-201ENST00000558542 387 ntTSL 54.19□□□□□ -1.749e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 PVT1-202ENST00000512617 383 ntTSL 34.05□□□□□ -1.769e-9■■■■■ 30
U2AF1Q01081 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.71e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 MGEA5-204ENST00000429860 769 ntTSL 311.08□□□□□ -0.641e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.077e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.67e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.227e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.997e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.827e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 INPP4A-209ENST00000498026 499 ntTSL 315.74■□□□□ 0.117e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 INPP4A-210ENST00000523221 2934 ntTSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.197e-10■■■■■ 30
U2AF1Q01081 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.787e-8■■■■■ 29.9
U2AF1Q01081 RUFY2-213ENST00000602465 3863 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.247e-8■■■■■ 29.9
U2AF1Q01081 RUFY2-201ENST00000265865 2033 ntTSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.557e-8■■■■■ 29.9
U2AF1Q01081 RUFY2-208ENST00000466493 2110 ntTSL 1 (best)9.03□□□□□ -0.967e-8■■■■■ 29.9
U2AF1Q01081 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.157e-8■■■■■ 29.4
U2AF1Q01081 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.17e-8■■■■■ 29.4
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 250.3 ms