Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH2P43246 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH2P43246 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH2P43246 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH2P43246 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH2P43246 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH2P43246 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH2P43246 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH2P43246 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH2P43246 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
MSH2P43246 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
MSH2P43246 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
MSH2P43246 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
MSH2P43246 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSH2P43246 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSH2P43246 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSH2P43246 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
MSH2P43246 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
MSH2P43246 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
MSH2P43246 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
MSH2P43246 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
MSH2P43246 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
MSH2P43246 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH2P43246 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH2P43246 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH2P43246 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH2P43246 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH2P43246 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH2P43246 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH2P43246 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSH2P43246 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSH2P43246 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSH2P43246 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSH2P43246 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSH2P43246 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH2P43246 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH2P43246 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH2P43246 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH2P43246 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH2P43246 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
MSH2P43246 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
MSH2P43246 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
MSH2P43246 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
MSH2P43246 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
MSH2P43246 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
MSH2P43246 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH2P43246 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH2P43246 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH2P43246 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH2P43246 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
MSH2P43246 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
MSH2P43246 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
MSH2P43246 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
MSH2P43246 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
MSH2P43246 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
MSH2P43246 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
MSH2P43246 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
MSH2P43246 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
MSH2P43246 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
MSH2P43246 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
MSH2P43246 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
MSH2P43246 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
MSH2P43246 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
MSH2P43246 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSH2P43246 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSH2P43246 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH2P43246 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH2P43246 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH2P43246 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH2P43246 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH2P43246 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH2P43246 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH2P43246 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSH2P43246 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSH2P43246 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
MSH2P43246 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSH2P43246 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSH2P43246 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSH2P43246 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSH2P43246 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSH2P43246 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSH2P43246 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
MSH2P43246 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
MSH2P43246 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
MSH2P43246 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSH2P43246 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSH2P43246 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSH2P43246 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSH2P43246 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH2P43246 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH2P43246 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH2P43246 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH2P43246 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH2P43246 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSH2P43246 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSH2P43246 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSH2P43246 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSH2P43246 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSH2P43246 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
MSH2P43246 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82 ms