Protein–RNA interactions for Protein: P35398

RORA, Nuclear receptor ROR-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 523 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RORAP35398 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RORAP35398 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
RORAP35398 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RORAP35398 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
RORAP35398 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RORAP35398 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RORAP35398 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RORAP35398 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RORAP35398 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RORAP35398 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RORAP35398 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RORAP35398 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RORAP35398 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RORAP35398 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RORAP35398 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
RORAP35398 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RORAP35398 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RORAP35398 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
RORAP35398 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RORAP35398 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RORAP35398 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RORAP35398 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RORAP35398 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RORAP35398 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RORAP35398 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RORAP35398 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RORAP35398 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RORAP35398 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RORAP35398 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RORAP35398 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RORAP35398 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RORAP35398 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
RORAP35398 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RORAP35398 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RORAP35398 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RORAP35398 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RORAP35398 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RORAP35398 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
RORAP35398 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RORAP35398 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
RORAP35398 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RORAP35398 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RORAP35398 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RORAP35398 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RORAP35398 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
RORAP35398 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
RORAP35398 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RORAP35398 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RORAP35398 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RORAP35398 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RORAP35398 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RORAP35398 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RORAP35398 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RORAP35398 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RORAP35398 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RORAP35398 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RORAP35398 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RORAP35398 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RORAP35398 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RORAP35398 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RORAP35398 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RORAP35398 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RORAP35398 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RORAP35398 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
RORAP35398 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RORAP35398 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RORAP35398 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RORAP35398 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RORAP35398 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RORAP35398 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RORAP35398 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
RORAP35398 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RORAP35398 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RORAP35398 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
RORAP35398 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RORAP35398 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RORAP35398 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RORAP35398 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RORAP35398 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
RORAP35398 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RORAP35398 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
RORAP35398 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RORAP35398 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
RORAP35398 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RORAP35398 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RORAP35398 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RORAP35398 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RORAP35398 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RORAP35398 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RORAP35398 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms