Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXD4P09016 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HOXD4P09016 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXD4P09016 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXD4P09016 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXD4P09016 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 232.7 ms