Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC3O75056 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC3O75056 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC3O75056 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC3O75056 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDC3O75056 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDC3O75056 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC3O75056 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC3O75056 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC3O75056 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC3O75056 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC3O75056 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC3O75056 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC3O75056 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC3O75056 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC3O75056 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC3O75056 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC3O75056 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC3O75056 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC3O75056 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC3O75056 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC3O75056 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC3O75056 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC3O75056 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC3O75056 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC3O75056 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC3O75056 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SDC3O75056 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SDC3O75056 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC3O75056 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC3O75056 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC3O75056 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC3O75056 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC3O75056 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC3O75056 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC3O75056 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC3O75056 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SDC3O75056 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SDC3O75056 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SDC3O75056 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SDC3O75056 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SDC3O75056 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SDC3O75056 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SDC3O75056 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SDC3O75056 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SDC3O75056 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SDC3O75056 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SDC3O75056 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SDC3O75056 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SDC3O75056 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SDC3O75056 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SDC3O75056 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SDC3O75056 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SDC3O75056 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SDC3O75056 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SDC3O75056 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SDC3O75056 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SDC3O75056 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SDC3O75056 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SDC3O75056 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SDC3O75056 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SDC3O75056 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SDC3O75056 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SDC3O75056 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SDC3O75056 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SDC3O75056 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SDC3O75056 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SDC3O75056 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SDC3O75056 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SDC3O75056 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SDC3O75056 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SDC3O75056 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SDC3O75056 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SDC3O75056 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SDC3O75056 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SDC3O75056 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SDC3O75056 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SDC3O75056 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SDC3O75056 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SDC3O75056 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SDC3O75056 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SDC3O75056 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SDC3O75056 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SDC3O75056 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SDC3O75056 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SDC3O75056 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SDC3O75056 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SDC3O75056 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SDC3O75056 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SDC3O75056 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SDC3O75056 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SDC3O75056 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.1 ms