Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J238

TRAV1-2, T-cell receptor alpha variable 1-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 106 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV1-2A0A0B4J238 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TRAV1-2A0A0B4J238 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRAV1-2A0A0B4J238 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRAV1-2A0A0B4J238 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRAV1-2A0A0B4J238 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRAV1-2A0A0B4J238 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRAV1-2A0A0B4J238 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRAV1-2A0A0B4J238 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRAV1-2A0A0B4J238 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRAV1-2A0A0B4J238 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRAV1-2A0A0B4J238 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms