Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
BRF1Q92994 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms