Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
LIMA1Q9UHB6 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMA1Q9UHB6 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms